Après l'attentat, les États-Unis ont accusé Al-Qaida, que les États-Unis pensaient être un groupe terroriste. Le président George W. Bush a déclaré qu'il lancerait une "guerre contre la terreur". Il voulait dire que les États-Unis feraient plus de choses pour essayer d'arrêter le terrorisme à l'avenir. Bush a déclaré que cela était destiné à protéger les Américains et leurs biens des terroristes. Par exemple, le gouvernement américain serait réorganisé. La sécurité et le contrôle dans les lieux publics ont été renforcés, notamment dans les aéroports. Les Américains se sont fait dire chaque jour s'il y avait une menace sérieuse de terrorisme. (Cela a été fait en donnant une couleur à la journée. Le rouge signifiait qu'il y avait un risque élevé, le vert un risque faible, et il y avait de nombreux niveaux entre les deux).
La guerre contre la terreur a également conduit à de véritables guerres. Le chef d'Al-Qaida, Oussama Ben Laden, vivait dans l'Émirat islamique d'Afghanistan. Les États-Unis ont dit au gouvernement afghan, appelé les Talibans, de leur livrer Ben Laden. Les Talibans ne l'ont pas fait. Le chef des talibans, le mollah Muhammad Omar, a exigé de voir des preuves de la part du gouvernement américain. Si aucune preuve n'était fournie, le mollah Omar a déclaré qu'il ne livrerait pas Ben Laden. Le président George W. Bush a déclaré qu'il n'avait pas besoin de fournir de preuves. Les Etats-Unis sont alors entrés en guerre contre l'Afghanistan. Les talibans ont été chassés du pouvoir, un nouveau gouvernement a été mis en place et un nouveau président a été choisi par le peuple afghan.
Pendant ce temps, le gouvernement des États-Unis a changé à quelques égards. Le ministère américain des transports (DOT) a créé l'Administration de la sécurité des transports (TSA). Avant le 11 septembre, la sécurité dans les aéroports américains était assurée par les compagnies aériennes. La TSA a fait de la sécurité dans les aéroports la tâche du gouvernement. De nouveaux agents ont été embauchés par la TSA pour travailler dans les aéroports et voler dans les avions en tant que maréchaux de l'air. La TSA assure également la sécurité dans les trains et les métros américains. Un nouveau département de la sécurité intérieure a également été créé. Il est devenu leur tâche de protéger les Américains et leurs biens à l'intérieur des États-Unis. Lorsque ce département a été créé, la TSA est passée du DOT à la Sécurité intérieure.
Après avoir vaincu les talibans, le président George W. Bush a pensé que les États-Unis devaient envahir l'Irak. Il pensait que l'Irak aidait les groupes terroristes, dont Al-Qaïda. Il a déclaré qu'il avait des preuves que l'Irak fabriquait également des armes de destruction massive. Il a envoyé le secrétaire d'État Colin Powell aux Nations unies pour leur montrer certaines de ces preuves. En mars 2003, les États-Unis ont commencé leur invasion de l'Irak. (Quatre autres pays y ont également pris part, dont le Royaume-Uni, l'Australie, la Pologne et le Danemark). Le gouvernement irakien a été renversé, et le peuple irakien a élu un nouveau gouvernement. Aucune arme de destruction massive n'a été trouvée en Irak.
Le 2 mai 2011, les SEALs de la marine américaine ont tué, entre autres tentatives terroristes, le chef d'Al-Qaida, Oussama Ben Laden, qui avait dirigé les attaques du 11 septembre 2001.