Le Lady Juliana a navigué avant les autres navires bagnards et n'est pas toujours compté dans la deuxième flotte. Le navire de ravitaillement Justinian n'a pas navigué avec les navires bagnards et est arrivé avant eux. Le HMS Guardian est parti avant les navires bagnards mais a heurté la glace après avoir quitté le Cap de Bonne Espérance, est retourné en Afrique australe et a fait naufrage sur la côte.
Les Surprize, Neptune et Scarborough ont été envoyés par la firme "Camden, Calvert & King". Ils avaient accepté de transporter, d'habiller et de nourrir les condamnés pour une somme de 17 7s £. 6d par tête. Cette somme était payée que les condamnés soient morts ou vivants. Cette entreprise avait déjà transporté des esclaves en Amérique du Nord. Les seuls membres du gouvernement présents sur le navire étaient l'agent de la marine, le lieutenant John Shapcote, et le capitaine de la garde ; tous les autres membres de l'équipage étaient fournis par la société.
La deuxième flotte quitte l'Angleterre le 19 janvier 1790, avec 1 006 condamnés (928 hommes et 78 femmes). Ils ne font qu'un seul arrêt en cours de route, au Cap de Bonne Espérance. C'est là que 20 hommes, survivants de Guardian, ont été embarqués. Les trois navires ont fait un voyage plus rapide que la première flotte, arrivant à Port Jackson dans la dernière semaine de juin 1790. C'était trois semaines après le Lady Juliana, et une semaine après le navire de ravitaillement Justinian.
Le voyage a été rapide, mais le taux de décès a été le plus élevé de l'histoire des transports vers l'Australie. Sur les 1 026 condamnés qui sont partis, 267 (256 hommes et 11 femmes) sont morts pendant le voyage (26 %).
Sur Neptune, les condamnés ne recevaient pas assez de nourriture, ils étaient maintenus attachés avec des chaînes et rarement relâchés sur le pont. Beaucoup d'entre eux ont attrapé le scorbut. À Scarborough, on les nourrissait, mais une tentative de mutinerie aurait conduit à les maintenir enfermés sous le pont.
Le capitaine William Hill, capitaine de la garde, a écrit plus tard que les capitaines des navires ne nourrissaient pas les condamnés pour qu'ils puissent vendre la nourriture dans un autre pays. Ils voulaient que les bagnards meurent rapidement pour ne pas avoir à gaspiller la nourriture sur eux et pouvoir la garder pour la vendre plus tard.
