De nombreuses personnes en dehors de la communauté les considèrent comme protestants, mais certains baptistes ne le font pas. Selon eux, les baptistes existent séparément depuis les premiers temps de l'église. Les personnes qui partagent cette opinion estiment que les baptistes n'ont jamais fait partie de l'Église catholique romaine et qu'ils ne "protestent" pas contre le catholicisme.
Ils soulignent également que les baptistes n'ont aucun lien avec les réformistes comme Luther, Calvin ou Zwingli. D'autres baptistes acceptent l'étiquette protestante comme une catégorie pour les églises qui ont des vues religieuses similaires sur la sola scriptura, la sola fide, la prêtrise de tous les croyants et d'autres positions que Luther ou Calvin avaient en contraste avec l'Église catholique romaine dans les années 1500.
L'étiquette : dénomination, est rejetée par certains en raison du système autonome utilisé par les églises baptistes pour le contrôle. Elles considèrent qu'elles ont une hiérarchie et non l'Église catholique romaine. Une autre raison du rejet de l'étiquette est l'influence de la période de Restauration sur les églises baptistes, qui a fait tomber les barrières confessionnelles. D'autres baptistes acceptent le tag. Ils estiment qu'elle ne ment pas et n'a pas de mauvaises significations. Elle est juste utilisée comme synonyme d'un groupe chrétien ou religieux ayant des croyances communes.
L'étiquette : Évangélique, est rejeté par certains baptistes fondamentalistes qui pensent que le terme n'est pas assez "fondamentaliste". Elle est également rejetée par certains baptistes libéraux qui pensent que le terme est trop conservateur. Il est accepté par les baptistes modérés qui croient au réveil aux États-Unis dans les années 1700, appelé le premier grand réveil. Certains évangéliques rejettent également l'étiquette : fondamentaliste, parce qu'ils pensent qu'elle est trop extrême.