Les Portugais sont arrivés dans l'île de São Tomé le 21 décembre 1471 et dans l'île de Príncipe le 17 janvier 1492. Comme il s'agissait de journées consacrées aux saints, les deux îles portaient des noms de saints. L'île de S. Antão, l'ancien nom de l'île de Príncipe, a été changé en 1500 pour honorer le prince du Portugal.
La version historique officielle indique que le pays était inhabité avant l'arrivée des marins portugais.
Le premier établissement portugais réussi dans l'archipel remonte à 1493. Le sol volcanique des îles s'est avéré bon pour les cultures sucrières. Il a fallu travailler dur pour cultiver et récolter les cultures sucrières. Des esclaves ont été amenés du Portugal pour faire ce travail. Comme d'autres pays ont commencé à produire plus de sucre, les îles n'ont pas pu en tirer profit. Au lieu de cela, elles sont devenues un lieu d'arrêt pour le commerce des esclaves.
Au XIXe siècle, on cultivait le café et le cacao. Celles-ci ont connu le succès. En 1908, le pays était le plus grand producteur de cacao. C'est la culture la plus importante pour le pays.
Le 3 février 1953, le massacre de Batepá a eu lieu. Au cours de ce massacre, des centaines de personnes de la région ont été tuées par des colons portugais. Les Portugais voulaient des travailleurs pour les cultures. Les habitants ont dit qu'ils étaient utilisés comme esclaves. Le gouverneur a dit aux militaires de prendre tous les locaux qui ne voulaient pas travailler.
À la fin des années 1950, un groupe voulait l'indépendance. Il s'appelait le MLSTP (Mouvement pour la libération de São Tomé et Príncipe). En 1974, ils ont réussi à destituer Marcelo Caetano de sa fonction de leader. Le 12 juillet 1975, São Tomé e Príncipe est devenu un pays indépendant. Le premier président fut Manuel Pinto da Costa. Il était le secrétaire général du MLSTP.
Jusqu'en 1990, le MLSTP était le seul parti politique. Il a modifié la constitution pour autoriser d'autres partis politiques. Le nouveau Parti de la convergence démocratique (PCD) a remporté le plus grand nombre de sièges à l'Assemblée nationale. Miguel Trovoada a été élu président.