La baie de San Francisco est un estuaire peu profond et productif par lequel l'eau qui draine environ quarante pour cent de la Californie, s'écoulant dans les rivières Sacramento et San Joaquin depuis les montagnes de la Sierra Nevada et la Central Valley, entre dans l'océan Pacifique. Techniquement, les deux rivières se jettent dans la baie de Suisun, qui aide à traverser le détroit de Carquinez pour rejoindre la rivière Napa à l'entrée de la baie de San Pablo, qui se connecte à son extrémité sud à la baie de San Francisco, bien que l'ensemble des baies interconnectées soit souvent appelé "la baie de San Francisco".

La baie de San Francisco se trouve dans l'État américain de Californie et est entourée d'une région connue sous le nom de San Francisco Bay Area, qui est proche des grandes villes de San Francisco, Oakland et San Jose.

La baie couvre entre 400 [1] et 1 600 [2] miles carrés (1 040 à 4 160 kilomètres carrés), selon les sous-baies (comme la baie de San Pablo), les estuaires, les zones humides, etc. qui sont inclus dans la mesure.