Samaná a été visitée par Christophe Colomb en janvier 1493, lors de son premier voyage aux Amériques. À ce moment, Samaná était occupée par les Ciguayos, une tribu d'Amérindiens ayant la même culture que les Taínos mais une langue différente. Ce sont les premiers Indiens qui ont combattu les Européens.
Après la conquête de l'île d'Hispaniola par les Espagnols, Samaná a été occupée par différents groupes d'Européens, principalement des Français. Certains groupes de marrons (esclaves fugitifs) ont vécu dans les montagnes pendant de nombreuses années.
Pour lutter contre ces groupes européens, l'Espagne a fait venir des galères (une galère était un étroit navire de guerre où les prisonniers et les esclaves étaient utilisés pour déplacer le navire), et a fondé en 1756 la ville de Santa Bárbara de Samaná sur la côte nord de la baie de Samaná, avec des habitants des îles Canaries.
Lorsque la partie orientale de l'Hispaniola (la colonie de Saint-Domingue) a été donnée à la France en 1795, le gouvernement français a essayé de développer la région et de nombreuses familles françaises se sont installées à Samaná pour cultiver du café ; de nombreux endroits de Samaná portent des noms français. La plupart de ces familles françaises ont quitté Samaná lorsque l'Espagne a repris la colonie en 1809.
Pendant l'occupation haïtienne (1822 - 1844), un fort a été construit à Los Cacaos (à l'ouest de Santa Bárbara de Samaná) pour contrôler la baie de Samaná ; un autre petit fort a été construit à El Limón, sur la côte nord.
Jean-Pierre Boyer, président d'Haïti, a envoyé quelques familles haïtiennes vivre à Tessón, au nord de Santa Bárbara de Samaná. Boyer a fait venir d'anciens esclaves de Philadelphie pour qu'ils vivent dans le pays, et 200 d'entre eux ont été emmenés à Samaná. Les populations haïtienne et américaine ont conservé leurs langues et leurs traditions.
Après l'indépendance, plusieurs gouvernements dominicains ont tenté de vendre ou de louer la baie de Samaná, avec la péninsule, à plusieurs gouvernements étrangers, mais sans résultat.
En 1888, le chemin de fer de Sánchez à La Vega (dans la province de La Vega) a commencé à traverser la riche région du Cibao. Sánchez est devenu le port le plus important du pays pendant le reste du XIXe siècle et le début du XXe siècle. Le chemin de fer a fonctionné jusqu'en 1966.
Il a été créé en tant que district maritime (une catégorie administrative spéciale qui a été abandonnée) le 4 juin 1867. La Constitution dominicaine de 1907 a modifié son statut de province avec les municipalités de Samaná et Sánchez. En 1966, Las Terrenas est devenue la troisième municipalité de la province.
El Limón est devenu un district municipal en 2001, Arroyo Barril en 2003 et Las Galeras en 2005.