La respiration diffère selon les espèces de salamandres. Les espèces qui n'ont pas de poumons respirent par les branchies. Dans la plupart des cas, il s'agit de branchies externes, visibles sous forme de touffes de chaque côté de la tête, bien que les amphias aient des branchies internes et des fentes branchiales. Certaines salamandres terrestres ont des poumons qui servent à la respiration, bien que ceux-ci soient simples et ressemblent à des sacs, contrairement aux organes plus complexes que l'on trouve chez les mammifères. De nombreuses espèces, telles que l'orme, ont des poumons et des branchies à l'âge adulte.
Certaines espèces terrestres sont dépourvues de poumons et de branchies et effectuent des échanges gazeux à travers leur peau, un processus connu sous le nom de respiration de la valériane dans lequel les lits capillaires sont répartis dans tout l'épiderme et à l'intérieur de la bouche. Même certaines espèces dotées de poumons peuvent également respirer à travers la peau de cette manière.
La peau des salamandres sécrète du mucus. Cela permet de garder l'animal humide lorsqu'il est sur la terre ferme, et de maintenir son équilibre en sel lorsqu'il est dans l'eau, ainsi que de lui fournir un lubrifiant lorsqu'il nage. Les salamandres sécrètent également du poison à partir de glandes situées dans leur peau, et certaines possèdent en outre des glandes cutanées pour sécréter des phéromones de parade nuptiale.
La chasse est encore un autre aspect unique des salamandres. Chez les salamandres sans dent, les muscles entourant l'os hyoïde se contractent pour créer une pression et "expulsent" l'os hyoïde de la bouche en même temps que la langue. Le bout de la langue est composé d'un mucus qui crée une extrémité collante à laquelle la proie est capturée. Les muscles de la région pelvienne sont utilisés pour ramener la langue et l'os hyoïde à leur position initiale.
De nombreuses espèces hautement aquatiques n'ont cependant pas de muscles dans la langue et ne l'utilisent pas pour capturer des proies, tandis que la plupart des autres espèces ont une langue mobile, mais sans les adaptations à l'os hyoïde. La plupart des espèces de salamandres ont de petites dents dans les mâchoires supérieure et inférieure. Contrairement aux grenouilles, même les larves de salamandres possèdent ces dents.
Pour trouver leur proie, les salamandres utilisent la vision trichromatique des couleurs dans la gamme des ultraviolets. Les salamandres souterraines permanentes ont des yeux réduits, qui peuvent même être recouverts d'une couche de peau. Les larves, et les adultes de certaines espèces très aquatiques, possèdent également un organe de ligne latérale, similaire à celui des poissons, qui peut détecter les changements de pression de l'eau. Les salamandres n'ont pas d'oreille externe, et seulement une oreille moyenne vestigiale.
Les salamandres peuvent laisser tomber leur queue pour échapper aux prédateurs. La queue va tomber et se tortiller pendant un petit moment, et les salamandres vont soit s'enfuir, soit rester suffisamment immobiles pour ne pas être remarquées pendant que le prédateur est distrait. Les salamandres régénèrent régulièrement des tissus complexes. Quelques semaines seulement après avoir perdu un membre, la salamandre reforme parfaitement la structure manquante.