Avec ses 26 338 kilomètres carrés, le Rwanda est le 149e plus grand pays du monde. Le pays tout entier est situé à haute altitude. Le point le plus bas est la rivière Rusizi, à 950 mètres d'altitude. Le Rwanda se trouve en Afrique centrale et orientale. Il est bordé par la République démocratique du Congo à l'ouest, l'Ouganda au nord, la Tanzanie à l'est et le Burundi au sud. Il se trouve à quelques degrés au sud de l'équateur et est enclavé. La capitale, Kigali, se trouve près du centre du Rwanda.
Le plus long fleuve du pays est le Nyabarongo. Le Nyabarongo-Kagera se jette finalement dans le lac Victoria. Le Rwanda compte de nombreux lacs, le plus grand étant le lac Kivu. C'est l'un des vingt lacs les plus profonds du monde. Parmi les autres lacs importants, citons le Burera, le Ruhondo, le Muhazi, le Rweru et l'Ihema. Ihema est le plus grand d'une série de lacs situés dans les plaines orientales du parc national de l'Akagera.
Il y a beaucoup de montagnes dans le centre et l'ouest du Rwanda. Les plus hauts sommets se trouvent dans la chaîne volcanique des Virunga, au nord-ouest. Cela inclut le mont Karisimbi, le point culminant du Rwanda, à 4 507 mètres (14 787 ft). Le centre du pays est principalement constitué de collines ondulées. La zone frontalière orientale est constituée de savanes, de plaines et de marécages.
Le Rwanda a un climat tropical tempéré des hauts plateaux. Il a des températures plus basses que celles typiques des pays équatoriaux. Ceci est dû à son altitude élevée. Kigali, au centre du pays, a une température quotidienne typique comprise entre 12 °C (54 °F) et 27 °C (81 °F). Il y a peu de changement au cours de l'année. Il y a deux saisons des pluies dans l'année. La première s'étend de février à juin et la seconde de septembre à décembre. Ces deux saisons sont séparées par deux saisons sèches. La principale s'étend de juin à septembre, pendant laquelle il n'y a souvent pas de pluie du tout. De décembre à février, la saison des pluies est plus courte et moins intense.