Reginald Punnett est né en 1875 dans la ville de Tonbridge, dans le Kent, en Angleterre. Alors qu'il se remettait d'une appendicite de son enfance, Punnett a fait la connaissance de la bibliothèque des naturalistes de Jardine et a développé un intérêt pour l'histoire naturelle.
Diplômé de l'université de Cambridge, Punnett a obtenu un diplôme de zoologie en 1898 et une maîtrise en 1902. Entre ces deux diplômes, il a travaillé comme démonstrateur et conférencier à temps partiel au département d'histoire naturelle de l'université de St Andrews. Cependant, en 1902, Punnett est de retour à Cambridge où il travaille en zoologie, principalement sur l'étude des vers nématodes. C'est à cette époque que lui et William Bateson ont entamé une collaboration de recherche qui a duré plusieurs années.
Lorsque M. Punnett était étudiant en premier cycle, les travaux de Gregor Mendel sur l'héritage étaient largement méconnus et peu appréciés des scientifiques. Cependant, en 1900, les travaux de Mendel ont été redécouverts. William Bateson est devenu un partisan de la génétique mendélienne et a fait traduire les travaux de Mendel en anglais. C'est avec Bateson que Reginald Punnett a aidé à établir la nouvelle science de la génétique à Cambridge. Lui et Bateson ont découvert ensemble des liens génétiques grâce à des expériences sur des poulets et des pois.
En 1908, incapable d'expliquer comment un gène dominant ne pourrait pas se fixer et devenir omniprésent dans une population, Punnett présenta son problème au mathématicien G. H. Hardy, avec qui il jouait au cricket. Hardy a ensuite formulé ce qui est devenu la loi Hardy-Weinberg.
En 1910, Punnett est devenu professeur de biologie à Cambridge, puis le premier professeur de génétique Arthur Balfour lorsque Bateson est parti en 1912. La même année, Punnett est élu membre de la Royal Society. Il a reçu la médaille Darwin de la société en 1922.
Pendant la Première Guerre mondiale, M. Punnett a appliqué avec succès son expertise au problème de la détermination précoce du sexe des poulets. Étant donné que seules les femelles étaient utilisées pour la production d'œufs, l'identification précoce des poussins mâles, qui étaient détruits ou séparés pour l'engraissement, a permis d'utiliser plus efficacement les ressources limitées de l'alimentation animale et autres. Les travaux de Punnett dans ce domaine ont été résumés dans Heredity in Poultry (1923).