La conjugaison bactérienne est le transfert de matériel génétique entre des cellules bactériennes par contact direct de cellule à cellule ou par une connexion de type pont entre deux cellules.

La conjugaison est un mécanisme de transfert horizontal de gènes, tout comme la transformation et la transduction, bien que ces deux autres mécanismes n'impliquent pas de contact de cellule à cellule.

La conjugaison bactérienne a été découverte par les prix Nobel Joshua Lederberg et Edward Tatum. Ils ont montré que la bactérie Escherichia coli entrait dans une phase sexuelle au cours de laquelle elle pouvait partager l'information génétique.

La conjugaison bactérienne est souvent considérée à tort comme l'équivalent de la reproduction sexuelle, puisqu'elle implique l'échange de matériel génétique. Lors de la conjugaison, la cellule du donneur fournit un élément génétique conjugué ou mobilisable qui est le plus souvent un plasmide ou un transposon. La plupart des plasmides conjugués sont dotés de systèmes garantissant que la cellule réceptrice ne contient pas déjà un élément similaire.

L'information génétique transférée est souvent bénéfique pour le destinataire. Les avantages peuvent comprendre la résistance aux antibiotiques, la tolérance aux xénobiotiques ou la capacité à utiliser de nouveaux métabolites. Ces plasmides bénéfiques peuvent être considérés comme des endosymbionts bactériens. D'autres éléments, en revanche, peuvent être considérés comme des parasites bactériens et la conjugaison comme un mécanisme qu'ils ont développé pour permettre leur propagation.