On pensait autrefois que les ratites formaient un seul groupe monophylétique, qui a évolué ensemble dans le Gondwana au Crétacé supérieur. Puis, ils ont évolué séparément lorsque le Gondwana s'est séparé, et les parties se sont éloignées l'une de l'autre. Les parties sont devenues les continents modernes du sud, plus l'Afrique et le sous-continent indien.
Cependant, l'analyse moderne des gènes est en conflit avec cela. L'analyse de l'ADN montre que les ratites ont divergé les uns des autres trop récemment pour partager un ancêtre commun gondwanien. Cependant, toutes les analyses montrent que les nandous (Amérique du Sud) et les ratites vivants d'Australasie/Océanie sont monophyles.
Une analyse récente de vingt gènes nucléaires suggère que l'amas de tinamous volés fait partie de la lignée des ratites. Les timamides sont le groupe frère des ratites d'Australe-Pacifique.
Si tel est le cas, les "ratites", dans leur ensemble, deviendraient paraphylétiques plutôt que monophylétiques. Comme les tinamous sont de faibles pilotes, cela soulève des questions intéressantes sur l'évolution de l'incapacité à voler dans ce groupe. Si les timorés sont dans la lignée des ratites, alors les ratites ont évolué dans l'incapacité de voler au moins trois fois. La ré-évolution du vol chez les tinamous serait une explication alternative, mais cela n'a pas de précédent dans l'évolution des oiseaux, alors que la perte de vol est courante.
