Bonya est née à Dhaka, au Bangladesh. Elle a obtenu son diplôme de premier cycle en informatique à l'université d'État du Minnesota à Mankato.
Bonya a rencontré Avijit grâce à leurs écrits sur Mukto-Mona, la première plateforme en ligne pour les libres penseurs, les athées et les blogueurs et écrivains laïques parlant bengali, fondée par Avijit. Ce groupe a lancé la première célébration de la Journée Darwin au Bangladesh. Mukto-Mona a été reconnue internationalement en 2015 et a reçu le prix du jury du BOBS. Bonya a écrit l'un des premiers livres de vulgarisation scientifique sur l'évolution biologique au Bangladesh, intitulé Bibortoner Path Dhore ("Along the Evolutionary Path", 2007). Elle est l'une des modératrices de Mukto-Mona.
Bonya a une fille, Trisha Ahmed, issue de son premier mariage. Trisha a écrit un article avec son beau-père Avijit pour le magazine Free Inquiry sur les blogueurs laïques emprisonnés. Ahmed a été diagnostiqué avec un cancer de la thyroïde.
Bonya a décidé de prendre un congé de son poste de directeur principal dans un bureau de crédit aux États-Unis après l'attaque dont elle et Avijit ont fait l'objet. Elle a commencé à travailler avec les associations humanistes en Europe et aux États-Unis pour sensibiliser le public aux attaques des fondamentalistes islamiques contre les intellectuels laïques au Bangladesh. Elle effectue actuellement des travaux de recherche sur le fondamentalisme islamique en tant que chercheur invité à l'université du Texas, à Austin. Une semaine après la mort de son mari, Bonya a commencé à rencontrer des associations humanistes en Europe, et à travailler pour faire sortir d'autres militants du Bangladesh, avant qu'ils ne soient tués.
En 2016, Bonya a reçu le prix "Forward" de la Freedom From Religion Foundation. Elle fait partie du jury du prix BOBS Best of Online Activism de la Deutsche Welle.
