Les habitudes alimentaires du Quetzalcoatlus (qui avait un long bec sans dents) sont inconnues. Cette question, et sa fuite, sont toujours en cours de discussion. L'absence d'un squelette plus détaillé est le principal problème pour parvenir à des conclusions. Deux théories ont été proposées.
Une idée est qu'il mangeait des poissons, en volant avec sa mâchoire dans l'eau, et en attrapant les poissons lorsqu'il les frappait. Le Texas était alors largement couvert par la voie maritime intérieure occidentale. "Parmi ces modes de vie proposés, la pêche en vol [la consommation de poisson] semble avoir été la plus acceptée, l'écrémage étant une méthode de recherche de nourriture fréquemment suggérée.
L'autre théorie est qu'il se nourrissait sur terre, en partie comme charognard, comme les vautours et les buses, et qu'il cherchait de la nourriture pour les petits animaux. Ce point de vue gagne du terrain, car la mâchoire ne montre pas les adaptations pour l'écrémage que l'on trouve chez les oiseaux modernes qui pêchent de cette façon.
En vol, c'était certainement un planeur, volant sur des courants d'air ascendants dans un environnement chaud, et ses restes proviennent d'un site qui se trouvait loin à l'intérieur des terres dans le Crétacé.