Les Pterodactyloidea sont le sous-ordre des ptérosaures à queue courte. Leur histoire fossile commence au Jurassique moyen. Ils se sont éteints lors de l'événement d'extinction K/T à la fin du Crétacé. Pterodactylus, Pteranodon et Quetzalcoatlus font partie de ce sous-ordre.

En 2014, des restes du premier ptérodactyloïde ont été trouvés en Chine. Il est appelé Kryptodrakon. Son âge minimum était de 162,7 millions d'années (mya). C'est environ cinq millions d'années de plus que tous les spécimens confirmés connus auparavant.

Des travaux récents montrent que le groupe avait plus de variété à la fin du Crétacé qu'on ne le pensait auparavant. Au début des années 2010, plusieurs nouveaux taxons de ptérosaure ont été découverts, datant de la fin du Crétacé. Parmi ces découvertes figurent quelques espèces de ptérosaure de petite taille.

À la fin de la période crétacée, l'événement d'extinction du Crétacé-Paléogène, qui a fait disparaître tous les dinosaures non aviaires et la plupart des dinosaures aviaires, ainsi que de nombreux autres animaux. Les ptérosaures semblent s'être éteints lors de cet événement.