Protein Data Bank
La banque de données sur les protéines (PDB) est un recueil d'informations sur la structure tridimensionnelle (3-D) des grandes molécules biologiques, telles que les protéines et les acides nucléiques. Les biologistes et biochimistes du monde entier envoient les données. La plupart des données proviennent de la cristallographie aux rayons X ou de la spectroscopie RMN. Tout le monde peut accéder gratuitement à l'APB en ligne. La Banque mondiale de données sur les protéines, wwPDB, gère l'APB.
L'APB est utile aux scientifiques qui étudient la biologie structurelle et la génomique structurelle. De nombreux scientifiques doivent envoyer leurs informations à la base de données. Les grandes revues scientifiques et certains organismes de financement, tels que les National Institutes of Health aux États-Unis, ont des règles indiquant aux scientifiques d'envoyer les données à l'APB. L'APB dispose des données originales ou primaires. Des centaines d'autres bases de données réutilisent les données. Ces bases de données secondaires organisent les informations de différentes manières. Par exemple, le SCOP et le CATH regroupent les structures en groupes organisés par type de structure et par idées sur la façon dont elles sont liées par l'évolution. L'ontologie génétique répartit les données en groupes basés sur les gènes.
Pages connexes
- Base de données des motions moléculaires
- La banque mondiale de données sur les protéines (wwPDB) - site parent aux hôtes régionaux (ci-dessous)
- RCSB Protein Data Bank (États-Unis)
- PDBe (Europe)
- PDBj (Japon)
- BMRB, Banque de données sur la résonance magnétique biologique (États-Unis)
- wwPDB Documentation - documentation sur les formats de fichiers PDB et PDBML
- Regard sur les structures - L'introduction du RCSB à la cristallographie
- PDBsum Home Page - Extrait des données d'autres bases de données sur les structures de l'APB.
- Nucleic Acid Database, NDB - un miroir PDB spécialement conçu pour la recherche d'acides nucléiques
- Tutoriel d'introduction à l'APB, parrainé par l'APB
Questions et réponses
Q : Qu'est-ce que la banque de données sur les protéines (PDB) ?
R : La banque de données sur les protéines (PDB) est une collection d'informations sur la structure tridimensionnelle (3D) des grandes molécules biologiques, telles que les protéines et les acides nucléiques.
Q : D'où proviennent les données de la PDB ?
R : La plupart des données proviennent de la cristallographie aux rayons X ou de la spectroscopie RMN.
Q : Qui envoie les données à la PDB ?
R : Ce sont des biologistes et des biochimistes du monde entier qui envoient les données.
Q : Tout le monde peut-il accéder à la PDB ?
R : Oui, tout le monde peut accéder gratuitement à la PDB en ligne.
Q : Qui gère la PDB ?
R : La PDB est gérée par la Worldwide Protein Data Bank (wwPDB).
Q : Pourquoi la PDB est-elle utile aux scientifiques ?
R : La PDB est utile aux scientifiques qui étudient la biologie structurelle et la génomique structurelle.
Q : Qui envoie ses informations à la PDB ?
R : De nombreux scientifiques doivent envoyer leurs informations à la base de données. Les principales revues scientifiques et certains organismes de financement, tels que les National Institutes of Health aux États-Unis, ont des règles imposant aux scientifiques d'envoyer leurs données à la PDB.
