Lors d'un coup d'État en octobre 1965, l'armée a pris le pouvoir après avoir prétendu à tort que l'assassinat de plusieurs généraux de haut rang avait été organisé par le Parti communiste indonésien. Ce fut le début de l'Ordre Nouveau de Suharto. Ce gouvernement était violemment anticommuniste. Pramoedya était à la tête de l'Organisation culturelle du peuple, un groupe littéraire lié au Parti communiste indonésien. Le régime de l'Ordre Nouveau l'a donc qualifié de communiste et d'ennemi de l'État. Lors de la violente purge anticommuniste de 1965-66, Pramoedya a été arrêté, battu et emprisonné par le gouvernement de Suharto. Il a été nommé prisonnier politique. Ses livres ont été interdits et il a été emprisonné sans procès, d'abord à Nusa Kambangan au large de la côte sud de Java, puis dans la colonie pénitentiaire de Buru dans les îles orientales de l'archipel indonésien. .
Il a été interdit d'écrire pendant son emprisonnement sur l'île de Buru. Mais il a créé sa série d'œuvres la plus connue, le Quatuor de Buru. Il s'agit d'une série de quatre romans de fiction historiques qui racontent le développement du nationalisme indonésien. Les livres sont en partie basés sur ses propres expériences de jeunesse. Les titres anglais des livres sont : This Earth of Mankind, Child of All Nations, Footsteps, and House of Glass. Le personnage principal de la série s'appelle Minke. C'est un mineur royal javanais. Le personnage est semblable à un journaliste indonésien nommé Tirto Adhi Surjo. Il était actif dans le mouvement nationaliste.
Le quatuor comprend des personnages féminins forts d'origine indonésienne et chinoise. Les livres montrent à quel point il était difficile pour ces personnes de vivre sous le régime colonial. Ils ont été victimes de discrimination et d'attaques racistes. Ils ont lutté pour leur indépendance politique personnelle et nationale. Ces livres sont typiques de la plupart des écrits de Pramoedya. Ils racontent des histoires personnelles et se concentrent sur des individus pris dans les mouvements de l'histoire d'une nation.
Pramoedya avait fait des recherches pour les livres avant d'être envoyé au camp de prisonniers de Buru. Lorsqu'il a été arrêté, sa bibliothèque a été brûlée et une grande partie de sa collection et de ses premiers écrits a été perdue. Dans la colonie pénitentiaire de Buru, il n'était même pas autorisé à avoir un crayon. Pramoedya pensait qu'il serait un jour capable d'écrire les romans sur papier. Il les raconta à ses codétenus. D'autres prisonniers ont écouté les histoires puis l'ont aidé. Ils ont fait un travail supplémentaire pour que Pramoedya n'ait pas à travailler autant. Finalement, il a pu écrire les romans. Les derniers livres ont pris leur nom, "Buru Quartet", de la prison où il les a créés. Ils ont été rassemblés et publiés en anglais. Maxwell Lane les a traduits. Ils sont également disponibles dans de nombreuses autres langues. En 2005, ils avaient été publiés en 33 langues (BIWP). De nombreuses personnes en dehors de l'Indonésie ont cependant estimé que ces livres étaient excellents. Ils ont remporté de nombreux prix. Mais le gouvernement indonésien a interdit leur publication en Indonésie. Il était donc presque impossible de trouver l'une des œuvres littéraires les plus célèbres d'Indonésie dont elle traitait de l'histoire du pays. Les Indonésiens de l'étranger ont scanné des copies et les ont partagées sur Internet avec des personnes à l'intérieur du pays.
Les travaux de Pramoedya sur l'Indonésie coloniale ont reconnu l'importance de l'Islam comme véhicule d'opposition populaire aux Néerlandais. Ses œuvres ne traitent pas de religion et n'ont pas de thèmes religieux précis. Il s'est opposé aux personnes qui utilisaient la religion pour contrôler la façon dont les gens pensent. Il a parfois écrit des articles négatifs sur les personnes pieuses sur le plan religieux.