Pont-de-Veyle a été fondée par les seigneurs de Bage, et a été légalement constituée en ville par les comtes de Savoie en 1275. Elle n'est devenue française qu'en 1601, sous le roi de France Henri IV, dans le cadre du traité de Lyon.
Parce qu'elle était proche de la frontière, cette ville a dû construire un château pour se défendre contre les seigneurs de Macon, les sires de Beaujeu et les princes de Dombes. Le château comptait 14 tours, mais il n'en reste aujourd'hui qu'une, la Tour de l'Horloge et une porte du XIVe siècle, reliées par des murs de briques. Aujourd'hui, il ne reste que très peu de ces murs. Le château était entouré d'un fossé rempli d'eau. De 1750 à 1800, ils ont abattu les murs de la ville et les tours qui étaient devenues dangereuses et étaient sur le point de s'effondrer.
On y trouve de nombreux bâtiments anciens et historiques de la Renaissance et des siècles suivants. La "Savoie" ou "Chambre des Lords", dont la façade a été restaurée, est l'une des plus belles de la région. Il y a un prieuré de Saint Benoît avec ses portes gothiques. Il y a de nombreuses maisons à colombages, comme "La Maison du Guetteur", qui a été réaménagée avec beaucoup de soin et de goût. Il y a également de nombreux escaliers en colimaçon en pierre, dont celui de l'hôtel de ville qui faisait partie de l'ancien collège des jésuites. L'église de style jésuite a été construite en 1755. L'hôpital, qui a été inauguré en 1322, possède encore des bâtiments du 18e siècle.
Après la Réforme et les guerres de religion, un grand groupe de protestants a vécu dans la ville. Lorsque l'édit de Nantes, une loi qui leur donnait la liberté de religion, a été annulé, ils ont fui la ville et sont allés vivre en Suisse et en Allemagne.
Jean-Louis Carra, journaliste et révolutionnaire français, est né à Pont-de-Veyle le 9 mars 1742. Il a été exécuté par la guillotine à Paris le 31 octobre 1793.
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