Polyphyse est un terme de la cladistique. Il décrit un groupe d'organismes dont le dernier ancêtre commun n'est pas un membre du groupe. Une autre façon d'exprimer cela est de dire que la polyphyrie comprend des groupes dont certains membres descendent de populations ancestrales.
Les diagrammes montrent que les oiseaux et les mammifères sont effectivement apparentés, mais seulement au niveau des premières amniotes. En termes d'évolution, il existe un vaste fossé entre eux.
En taxonomie traditionnelle, il est plus courant d'inclure tous les descendants (par exemple, les mammifères vivants) sans le groupe dont ils sont issus (ce qui serait une sorte de clade dans la therapsida). Cela est fait par commodité, mais cela rend les mammifères polyphyles.
La classification biologique vise à regrouper les espèces de manière à ce que chaque groupe descende d'un seul ancêtre commun. Un groupe polyphylétique peut être "fixé" soit en excluant les clades, soit en ajoutant l'ancêtre commun.
Selon la cladistique, l'objectif de la classification devrait être de s'assurer que tous les groupes sont monophyles. Cependant, d'autres taxonomistes soutiennent qu'il y a une place valable pour les groupes qui sont paraphylétiques, ou qui contiennent leur ancêtre commun le plus récent mais pas tous les descendants de cet ancêtre.
