Le polyphénisme est une sorte de polymorphisme où différentes formes d'un animal sont causées par un seul génotype. L'animal hérite de la capacité, mais l'environnement détermine quelle forme se développe. Cela contraste avec le polymorphisme génétique, où chaque forme hérite d'un génome légèrement différent.

Le polyphénisme se produit lorsque l'animal hérite d'un interrupteur de développement. Ce commutateur est sensible à un indice ou à un déclencheur environnemental. Par exemple, le sexe des crocodiles est déterminé par la température ambiante. Leur sexe est un trait polyphénique, et n'est pas déterminé par le lien habituel entre les sexes.