Ces virus font partie d'un système biologique unique composé de trois parties : une guêpe parasitoïde, une larve d'insecte (généralement un lépidoptère) et le virus. Le génome complet du virus est intégré dans le génome de la guêpe et le virus ne se reproduit que dans une partie particulière de l'ovaire des guêpes nymphes et femelles adultes.
Le virus est injecté avec l'œuf de guêpe dans la cavité corporelle d'une chenille hôte et infecte les cellules de la chenille. L'infection n'entraîne pas la réplication de nouveaux virus, mais affecte plutôt le système immunitaire de la chenille. Sans l'infection virale, les hémocytes phagocytaires (cellules sanguines) tueront l'œuf de guêpe. La suppression immunitaire causée par le virus permet à l'œuf de guêpe de survivre. Il éclot et se développe dans la chenille. De plus, les gènes du polydnavirus chez l'hôte modifient le développement et le métabolisme de l'hôte pour favoriser la croissance et la survie de la larve parasitoïde. Ainsi, le virus et la guêpe ont une relation symbiotique (mutualiste).
