Les Premières nations du Canada ont longtemps vécu à la pointe Pelée. C'était avant que les Européens ne viennent coloniser la région. On pense que les gens vivaient sur le plus grand site archéologique découvert à la pointe Pelée entre 700 et 900 après J.-C. La pointe Pelée a été nommée par deux prêtres en 1670. Il s'agit des pères Dollier et Galinee. Le mot pelée est le mot français pour chauve.
Les naturalistes et les chasseurs voulaient protéger la zone. Ils pensaient que la biodiversité des vierges devait être protégée contre l'aménagement du territoire dans la région. Avant la création du parc, un groupe appelé la Société ornithologique des Grands Lacs a été créé. Ils ont étudié la migration des oiseaux dans la région. En 1915, ils ont recommandé que la pointe Pelée devienne un parc national. Ce fut le premier parc national créé pour protéger la région. Cela a changé la façon dont les parcs nationaux ont été créés. Lorsque le parc a été créé, il y avait encore de nombreux chalets dans la région et deux hôtels. Il y avait également de nombreuses fermes et une école.
De nombreux chalets étaient encore en construction après la création du parc national. Après le crash de Wall Street en 1929, plus aucun terrain dans le parc n'a été vendu. Le parc avait un plan de développement dans les années 1920. Une autoroute était censée être construite dans le parc. À partir des années 1960, beaucoup de gens se sont rendus dans le parc. La pointe Pelée est devenue le parc national le plus fréquenté. Près de 781 000 personnes se sont rendues à la Pointe Pelée en 1963. Comme beaucoup de gens ont visité le parc, une grande partie de la nature et de la faune a été détruite. Le gouvernement du Canada a déclaré que la Pointe Pelée ne devrait plus être un parc national pour cette raison.
Après les années 1980, le gouvernement du Canada a commencé à protéger davantage la région. Il a cessé d'autoriser les voitures à rouler jusqu'à la pointe. Au lieu de cela, ils ont commencé une navette vers la pointe. Ils ont commencé à acheter tous les chalets du parc et à les enlever. Plus de 350 bâtiments ont été démolis. Ils ont également supprimé deux routes. En 1989, la chasse au canard n'était plus autorisée dans le parc. En 1991, le gouvernement a commencé à tuer une partie des cerfs du parc pour protéger les plantes. Ils ont tué quelques cerfs de plus par la suite.
La Pointe Pelée est devenue une réserve de ciel noir en 2006. C'est le premier parc national du Canada à devenir une réserve de ciel étoilé. En 2006, les vagues du lac Érié ont emporté la pointe. Puis, en 2007, la pointe est réapparue. C'est parce que le niveau d'eau du lac Érié a baissé. La pointe change chaque année, s'allongeant ou se raccourcissant. En 2017, un incendie à la pointe Pelée a brûlé une partie des marais. Environ 125 hectares ont été brûlés.