L'auto-imunité est une réaction immunitaire contre les composants de soi, qui sont reconnus comme des antigènes. Cette réaction peut produire une inflammation grave ou être inoffensive, comme lorsqu'elle est dirigée contre des auto-antigènes intracellulaires, qui ne sont pas exprimés aux anticorps circulants ou aux lymphocytes.

L'auto-imunité peut se développer spontanément ou peut être induite expérimentalement par l'immunisation avec des autoantigènes ou des antigènes réagissant au croos avec des autoantigènes. Les réactions d'auto-imunité sont à l'origine de nombreuses maladies et troubles auto-immuns.