Même avec l'ajout des chicanes, la sécurité était une préoccupation sur le circuit. L'un des plus grands soucis était le virage du Tamburello à grande vitesse et à plat. Le Tamburello était très bosselé et il y avait très peu de place entre la piste et un mur de béton. Le mur protégeait un ruisseau qui coulait derrière le virage. En 1987, lors du Grand Prix de Saint-Marin, Nelson Piquet a eu un accident dans le virage pendant l'entraînement. Il a manqué la course à cause de ses blessures. Lors du Grand Prix de Saint-Marin de 1989, Gerhard Berger a fait s'écraser sa Ferrari à Tamburello après que l'aile avant se soit brisée. L'accident a été si violent que le monocoque (le compartiment du conducteur) s'est ouvert. La voiture a pris feu. Les pompiers et le personnel médical se sont rapidement mis au travail. Grâce à la rapidité de leur intervention, Berger n'a survécu qu'avec des brûlures sur les mains. Berger n'a manqué qu'une seule course, le Grand Prix de Monaco. D'autres pilotes, dont Michele Alboreto et Riccardo Patrese, ont également eu des accidents graves au virage de Tamburello. Ils s'en sont sortis sans blessure grave.
En 1994, trois accidents graves se sont produits à Imola. Lors de l'entraînement du vendredi, Rubens Barrichello a heurté la clôture du Variante Bassa. C'était un accident très dur et il a été assommé pendant quelques minutes. Lors des qualifications de samedi, l'Autrichien Roland Ratzenberger a chuté au Villeneuve Corner. Il a heurté un mur de béton presque de front et a été très gravement blessé à la tête. Il a été transporté à l'hôpital, mais il est mort des suites de ses blessures. Dans la course de dimanche, le triple champion du monde Ayrton Senna a heurté un mur de béton au Tamburello Corner. Senna a été tué sur le coup. Dans deux accidents sans rapport, plusieurs spectateurs et mécaniciens ont également été blessés pendant la course.
En réponse aux décès de Ratzenberger et Senna, des changements ont été apportés pour essayer de rendre le circuit plus sûr. Le virage à plat du Tamburello a été réduit en vitesse. Il a également été transformé en balai gauche-droite. Un piège à gravier a été ajouté à l'espace limité à l'extérieur du virage. Le virage Villeneuve a également été ralenti et un bac à graviers a été ajouté. Pour conserver une partie du caractère de l'ancien circuit, la chicane lente de l'Acqua Minerale a été éliminée. Beaucoup disent que la nouvelle configuration du circuit n'est plus aussi bonne qu'avant en raison des nouvelles chicanes à Tamburello et Villeneuve.
Une autre modification a été apportée à la Variante Alta. La Variante Alta se trouve au sommet de la colline menant à Rivazza. Elle a le point de freinage le plus dur du tour. Les trottoirs étaient très hauts et les pilotes les touchaient souvent. Cela a souvent causé des dommages aux voitures et parfois des accidents. Avant le Grand Prix 2006, les trottoirs ont été abaissés et le virage lui-même a été resserré pour réduire la vitesse.
Certains s'étaient plaints de la mauvaise qualité des installations (bâtiments et zones de travail) à Imola. Le Grand Prix de Saint-Marin a été supprimé du championnat de Formule 1 après 2006.
