Le pandoravirus est un genre de très gros virus. Ils possèdent les plus grands génomes de tous les genres de virus. Comme les autres grands virus Mimivirus, Pithovirus et Megavirus, le Pandoravirus infecte les amibes. Son génome, avec 1,9 à 2,5 mégabases d'ADN, est deux fois plus important que celui du Megavirus. Il diffère grandement des autres grands virus par son apparence et la structure de son génome.
Bien que la capside du Pithovirus soit 50% plus grande en taille, le Pandoravirus a le plus grand génome de tous les virus (2,5 millions de paires de bases).
Environ 93% des gènes du Pandoravirus ne sont connus d'aucun autre microbe. Cela a conduit certains scientifiques à suggérer que le virus appartient à un "quatrième domaine", à part les bactéries, les archées et les eucaryotes. Les virus dans leur ensemble ne sont pas considérés comme faisant partie de ces trois domaines, mais certains biologistes les ont proposés comme un seul et même domaine dans le passé.