Au cours de cette période, les changements climatiques ont été aussi graves que ceux de l'histoire de la Terre. D'une température globale élevée au début, il y a eu trois périodes glaciaires massives, avec de la glace jusque dans les tropiques.
Chute du méthane
Il y a des indications claires que l'époque a vu une baisse du méthane atmosphérique :
"L'effondrement du méthane de l'atmosphère archéenne, autrefois très élevée, joue probablement un rôle important, non seulement dans l'histoire de l'oxygénation, mais aussi dans l'apparition des glaciations du Paléoprotérozoïque. Les données indiquent qu'il y a 2,4 à 2,3 milliards d'années, la Terre a connu un "grand événement d'oxydation", au cours duquel l'environnement de surface de la Terre a subi des changements profonds et irréversibles".
L'accumulation d'oxygène
L'oxygène était produit par les cyanobactéries, mais il était surtout utilisé par les puits chimiques. Il s'agissait du soufre et du fer non oxydés. Jusqu'à il y a environ 2,3 milliards d'années, l'oxygène ne représentait probablement que 1 à 2 % de son niveau actuel. p323
Les formations de fer en bandes, qui fournissent la plus grande partie du minerai de fer du monde, ont été formées par l'oxygène formant des composés avec le fer ; la plupart des accumulations ont cessé après 1,9 milliard d'années. Les couches rouges, colorées par l'hématite, indiquent une augmentation de l'oxygène atmosphérique après 2 milliards d'années ; on ne les trouve pas dans les roches plus anciennes. p324
Les périodes glaciaires
Il y a eu trois grandes périodes glaciaires, avec de la glace jusque dans les tropiques. Sans aucun doute, elles se sont produites en raison de la réduction des gaz à effet de serre dans l'atmosphère et de l'augmentation de la production d'oxygène.
Il y a ce que les chercheurs appellent "un intervalle déroutant de ~1 400 millions d'années sans glaciation vérifiée entre les glaciations du Paléoprotérozoïque précoce à 2400-2200 mya en Amérique du Nord, en Afrique du Sud, en Scandinavie et en Australie et les glaciations du Néoprotérozoïque qui ont touché tous les continents à 800-600 mya".
Une météorite frappe
Il y a eu des impacts majeurs de bolides durant l'ère, dont deux ont causé les plus grands cratères d'impact sur Terre. Il y en a également trois plus petits (d'un diamètre égal ou supérieur à 30 kilomètres) dans le fuseau horaire d'il y a 3,0 à 1,2 milliard d'années.