La première mention d'un éventuel Ordre du Mérite a été faite à la suite de la bataille de Trafalgar, en 1805, dans des lettres entre le Premier Lord de l'Amirauté, Lord Barham et le Premier ministre William Pitt, bien que rien ne soit venu de cette idée. Plus tard, la reine Victoria, ses courtisans et les hommes politiques pensèrent tous qu'un nouvel ordre, basé sur l'ordre prussien Pour le Mérite, compenserait l'insuffisance de la reconnaissance offerte par le système établi de distinctions honorifiques aux réalisations en dehors du service public, dans des domaines tels que l'art, la musique, la littérature, l'industrie et la science. Le mari de Victoria, Albert, Prince Consort, s'intéressa à la question ; il écrivit dans son journal qu'il rencontra le 16 janvier 1844 Robert Peel pour discuter de "l'idée d'institution d'un Ordre civil du Mérite" et trois jours plus tard, il s'entretint avec la Reine à ce sujet. L'idée ne s'est pas démentie et, le 5 janvier 1888, le premier ministre britannique, le marquis de Salisbury, a soumis à la reine un projet de constitution pour un Ordre du mérite scientifique et artistique, consistant en un grade divisé en deux branches de chevalerie : l'Ordre du mérite scientifique - pour les Chevaliers du mérite scientifique, avec les lettres post-nominatives KMS - et l'Ordre du mérite artistique - pour les Chevaliers du mérite artistique, avec les lettres post-nominatives KMA. Toutefois, Sir Frederic Leighton, président de l'Académie royale, a déconseillé le nouvel ordre, principalement en raison de son processus de sélection.
C'est le fils de Victoria, Edward VII, qui a finalement fondé l'Ordre du Mérite, le 26 juin 1902 - date à laquelle son couronnement avait été initialement prévu - comme moyen de reconnaître "des services exceptionnellement méritoires dans notre marine et notre armée, ou qui peuvent avoir rendu des services exceptionnellement méritoires pour l'avancement de l'art, de la littérature et de la science" ; tous les aspects modernes de l'ordre ont été établis sous sa direction, y compris la division pour les personnalités militaires. Dès le début, les premiers ministres ont tenté de proposer des candidats ou ont fait pression pour influencer la décision du monarque en matière de nominations, mais la Maison royale gardait catégoriquement des informations sur les noms potentiels. Après 1931, lorsque le Commonwealth des nations a vu le jour et que les anciens dominions de l'Empire britannique sont devenus des États indépendants, égaux en statut au Royaume-Uni, l'Ordre du mérite est resté un honneur ouvert à tous les royaumes du roi ; ainsi, comme pour le monarque qui l'a conféré, l'ordre a cessé d'être purement britannique.
Dès le début, l'ordre a été ouvert aux femmes, Florence Nightingale étant la première femme à recevoir cet honneur, en 1907. Plusieurs personnes n'ont pas reçu cet honneur, comme Rudyard Kipling, A. E. Housman et George Bernard Shaw. À ce jour, le Prince Philip, Duc d'Édimbourg, reste la plus jeune personne à avoir jamais été intronisée dans l'Ordre du Mérite, ayant été admis par la Reine Elizabeth II en 1968, alors qu'il avait 47 ans.
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