Guede a été jugé en Italie en octobre 2008. Il a été déclaré coupable et envoyé en prison pour 30 ans.
Knox et Sollecito ont également été jugés. Sollecito a été envoyé en prison pour 25 ans, et Knox pour 26 ans. Tous deux ont fait appel de leur condamnation.
Les procureurs ont déclaré que Guede, Knox et Sollecito ont tué Kercher ensemble. Les avocats de Knox et Sollecito ont déclaré que Guede l'a tuée seule, et qu'il a déshabillé et déplacé le corps quelques heures plus tard. En juin-novembre 2009, leurs avocats ont présenté des preuves et des témoins pour appuyer la théorie du "loup solitaire", selon laquelle Guede a tué Kercher et a ensuite déshabillé et déplacé son corps loin de la fenêtre de sa chambre dans la maison où elle vivait avec Knox.
Guede avait prétendu qu'il avait été invité chez elle, en tant que rendez-vous prévu avec Kercher pour Halloween. Alors qu'il se trouvait chez elle, il a affirmé être tombé malade et, dans la salle de bain, il a entendu un grand cri. Dans son récit, Guede a affirmé avoir vu un Italien brun tenant un couteau, au-dessus de Kercher, sur le sol de sa chambre. Il a ensuite affirmé que l'homme s'était battu avec lui et s'était enfui de la maison en disant en parfait italien : "Trovato negro, trovato colpevole" ("trouvé noir, trouvé coupable"). Guede a dit qu'il avait essayé d'aider Kercher, car elle saignait rapidement, mais qu'il avait pris peur et s'était enfui de la maison, sans appeler la police ou quiconque à l'aide. Guede avait dit aux fonctionnaires que Kercher était entièrement vêtue lorsqu'elle a été poignardée, et il l'a laissée avec la couette et l'oreiller sur son lit. Cependant, des témoins et des experts de la police scientifique de Rome ont présenté des preuves qui contredisent l'histoire de Guede concernant cette nuit-là :
· Guede a affirmé que Kercher l'avait rencontré à Halloween, mais ses amis ont témoigné qu'ils étaient allés faire la fête avec elle, et aucun d'entre eux ne l'a vue parler à Guede.
· Guede a affirmé que Kercher était entièrement vêtue lorsqu'elle a été poignardée, mais les taches de sang sur sa peau indiquent que son T-shirt était tiré au-dessus de son soutien-gorge lorsqu'elle a été poignardée.
· Guede a affirmé que l'oreiller blanc était resté sur le lit, mais il a été retrouvé sous le corps, marqué de l'empreinte de sa chaussure gauche (provenant des chaussures de tennis de l'épidémie Nike 2) et de l'empreinte de sa paume dans le sang.
· Guede a affirmé qu'il n'était pas revenu pour se déshabiller et déplacer le corps, mais le soutien-gorge et la bretelle de soutien-gorge sectionnée avaient de l'ADN correspondant au profil génétique de Guede, également sur son corps et son sac à main.
· Guede a affirmé qu'il n'avait pas brisé la fenêtre de la troisième chambre, mais cinq jours plus tôt, il avait été pris après les heures de cours dans une école de Milan, avec un ordinateur portable et un téléphone mobile volés dans un cabinet d'avocats cambriolé avec une pierre brisant la fenêtre de l'étage.
· Guede a affirmé qu'il n'avait pas poignardé Kercher, mais lorsqu'il a été pris dans l'école de Milan le 27 octobre 2007, la police locale a fouillé son sac à dos et a trouvé un couteau de cuisine volé dans la cuisine de l'école.
Lors du procès de Guede, le juge et le jury n'ont pas cru les affirmations de Guede, et ils l'ont condamné pour le meurtre. Il avait été arrêté parce que l'empreinte de sa paume sur l'oreiller correspondait à son dossier de police, y compris l'incident de l'école de Milan, alors que la police de Milan l'avait relâché juste 5 jours avant le meurtre. Guede a été condamné à 30 ans de prison, mais cette peine a été réduite à 16 ans après son premier procès en appel.
Dans un procès séparé, Knox et Sollecito ont tous deux été jugés pour le meurtre, mais les preuves étaient beaucoup moins nombreuses qu'avec Guede. Aucun témoin n'a déclaré avoir vu ou entendu Knox ou Sollecito entrer ou sortir de la maison cette nuit-là. De plus, les petites quantités d'ADN les reliant au meurtre étaient en quantités tellement faibles qu'elles pouvaient être considérées comme une contamination, et de telles petites quantités d'ADN sont inadmissibles lors de procès devant des tribunaux pénaux britanniques ou américains. Bien que de nombreuses empreintes de chaussures aient été trouvées correspondant à la chaussure Nike de Guede, il n'y avait aucune empreinte de chaussures correspondant à celles que la police avait prélevées dans les maisons de Knox et Sollecito. Les principaux problèmes qui se posaient à eux étaient qu'ils avaient dit des choses qui semblaient suspectes :
· Knox avait écrit une déclaration, lors d'un interrogatoire de police, dans laquelle elle se rappelait vaguement être allée à la maison avec son patron depuis son travail, mais elle pensait que c'était un faux souvenir, suggéré sous la pression de la police.
· Knox a témoigné que la police, au 4ème jour des questions, l'avait tenue éveillée toute la nuit, sans nourriture, puis avait crié, frappé et menacé de la mettre en prison pour 30 ans à moins qu'elle ne nomme quelqu'un. Cependant, la police a témoigné qu'elle ne l'avait pas brutalisée, et qu'au contraire, Knox s'était mis à pleurer et avait avoué être dans la maison.
· Le jour où le corps a été découvert, lorsque la police postale est arrivée, Knox et Sollecito ont déclaré avoir appelé la police, mais les relevés téléphoniques indiquent que l'appel a été passé quelques minutes après, et non avant, leur arrivée.
· Sollecito, lorsqu'il a appelé la police, a déclaré qu'il y avait eu un cambriolage sans que rien ne soit pris, même si les autres colocataires n'étaient pas revenus pour compter leurs affaires.
· Ils ont tous deux affirmé avoir passé la nuit dans sa maison de deux étages, mais ils n'ont pas pu confirmer ce que l'autre faisait en bas, ni si l'un d'eux était parti.
· Sollecito a dit à la police que son père l'avait appelé chez lui vers 23 heures. Cependant, les relevés téléphoniques ont montré plus tard qu'il n'avait reçu aucun appel de ce type.
Comme aucun autre témoin n'a pu confirmer que le couple était resté chez lui, lors du meurtre chez Knox, ils ont tous deux été envoyés en procès. Les preuves contre eux étaient très limitées :
· Un homme, Hekuran K., a déclaré avoir vu les trois dans une rue pluvieuse près de la maison ce soir-là et s'être disputé avec eux, mais la pluie avait plutôt été de la nuit d'Halloween. Lorsqu'on lui a demandé comment il savait à quelle heure ils se disputaient, il a répondu qu'il avait vérifié l'horloge de sa voiture, mais qu'elle était cassée. Lorsqu'on lui a demandé s'il avait parlé aux journalistes, il a répondu non puis oui.
· Un autre témoin, un sans-abri, Antonio C., a déclaré avoir vu Knox et Sollecito parler sur une place de la ville près de la maison ce soir-là à 23 h 30, à l'heure indiquée par une horloge voisine, mais dans sa déclaration initiale, il avait dit que d'autres personnes à proximité portaient des masques, comme à Halloween, la veille.
· Les enregistrements informatiques montrent que l'ordinateur de Sollecito était utilisé à 21h10 et qu'il habitait à au moins 10 minutes de la place de la ville.
· Un expert en empreintes digitales a affirmé qu'une empreinte de chaussure sur l'oreiller du lit était à la taille de Knox, mais le motif ne correspondait à aucune de ses 22 chaussures, et lorsque l'oreiller était plié, cette empreinte de chaussure correspondait exactement aux chaussures Nike de Guede.
· Une empreinte partielle de sang sur le tapis de bain voisin aurait correspondu au pied de Sollecito, mais les experts ont déclaré qu'elle était si vague qu'elle correspondait également au pied de Guede.
· Aucun cheveu, fibre de vêtement, peau ou empreinte de Knox ou Sollecito n'a été trouvé dans la chambre de Kercher.
· Aucun vêtement, chaussure ou couteau taché de sang n'a été trouvé dans leur maison ou dans la voiture de Sollecito.
· Un couteau pris dans la cuisine de Sollecito, avec l'ADN de Knox sur le manche, a été déclaré correspondre à une trace d'ADN de Kercher près de la pointe, mais le couteau était trop grand pour avoir fait deux des trois coups de couteau, et a été testé négatif pour tout résidu de sang quelque part.
Lorsque Knox a été condamné lors du premier procès, le verdict a été remis en question par certains comme de l'"anti-américanisme", mais Sollecito a également été condamné en même temps.