Il existe de nombreuses formes de sclérose en plaques, ce qui peut rendre difficile la prise en charge de la maladie. La maladie endommage la myéline. Parfois, le corps peut effectuer des réparations limitées de la myéline. Lorsque cela se produit, les symptômes (les problèmes causés par la maladie) disparaissent pendant une courte période. C'est ce qu'on appelle la rémission. Lorsque l'organisme attaque à nouveau la myéline, les symptômes réapparaissent et c'est ce qu'on appelle une rechute. Le type de SEP qui présente des rémissions et des rechutes est appelé SEP rémittente-réchute. Dans des cas moins courants, l'organisme continue d'attaquer la myéline et les symptômes s'aggravent rapidement, une forme appelée "SEP primaire progressive". Parfois, une combinaison des deux types de maladie peut se produire simultanément.
Les personnes atteintes de sclérose en plaques ont de nombreux problèmes. Leurs muscles sont généralement faibles, elles peuvent trembler de manière incontrôlée, elles ont du mal à bouger et à s'équilibrer. Les personnes atteintes de SEP ressentent souvent une grande douleur et se fatiguent facilement. Leur parole et leur vue deviennent parfois très faibles. Penser et résoudre les problèmes est plus difficile pour les personnes atteintes de SEP que pour les personnes en bonne santé.
À l'intérieur du corps, la sclérose en plaques provoque des lésions qui ne peuvent être ni vues ni mesurées sans un équipement médical spécial. Le système immunitaire attaque soit les parties grasses de la myéline, soit les parties protéiques de la myéline. Le corps peut également attaquer les cellules qui produisent la gaine de myéline, appelées cellules gliales. Lorsque la myéline est endommagée ou manquante, de grandes zones d'axones touchées par les dommages sont visibles sous forme de cicatrices ou de lésions dans les tissus du système nerveux central qui s'accumulent avec les tentatives de réparation répétées de l'organisme au fil du temps. Les lésions apparaissent dans différentes zones du système nerveux central selon la forme de SEP dont souffre une personne.
L'inflammation est une partie importante des symptômes de la SEP. L'inflammation se produit chaque fois qu'une blessure ou une maladie est détectée par le corps. C'est la première partie d'une réponse du système immunitaire. Chez les patients atteints de SEP, l'inflammation contre la myéline provoque un gonflement et d'autres effets nocifs dans le système nerveux. L'inflammation peut être due à une infection par Chlamydia Pneumoniae.