Vers 1000 avant J.-C., de grands groupes de personnes se sont installés dans cette région. C'étaient les Ombriens. Ils vivaient dans de petits villages fortifiés sur des terrains élevés. A partir de 450 av. J.-C., les villages ombriens ont été repris par les Etrusques. Puis les Romains ont pris le contrôle de l'Italie centrale par la bataille de Sentinum en 295 avant JC. J.-C. Ils nivelèrent certaines terres en terrasses (larges marches) et construisirent une grande ville appelée Asisium sur le flanc du Mont Subasio. Cette ville est devenue Assise. On peut encore voir quelques bâtiments de l'époque romaine à Assise. Ils comprennent les murs, la place principale et le temple de la déesse Minerve, qui est aujourd'hui une église appelée Santa Maria sopra Minerva.
En 238 après J.-C., tous les habitants d'Assise sont devenus chrétiens, grâce à l'enseignement de l'évêque Rufino. Il fut martyrisé. On pense que son corps est enterré sous la cathédrale de San Rufino à Assise.
Les Ostrogoths du roi Totila ont détruit la plus grande partie de la ville en 545. Puis Assise a été gouvernée par les Lombards, venus du nord de l'Italie, puis par les souverains francs.
Au XIe siècle (années 1000), Assise est devenue une ville libre. Mais il y a eu des combats constants entre deux groupes appelés les Gibelins et les Guelfes. Assise soutenait principalement les Gibelins, mais la grande ville la plus proche, Pérouse, soutenait les Guelfes. Lors de la bataille du Ponte San Giovanni (pont St. John's), les Guelfes de Pérouse ont réussi à capturer un jeune homme d'Assise. Il s'appelait Francesco di Bernardone. C'est en partie à cause de ses expériences lors de sa capture que le jeune Francesco a décidé qu'il changerait de métier et ne serait plus soldat. Lorsqu'il est retourné chez son père, il a mis de côté toutes ses richesses et est devenu un pauvre prédicateur errant, disant aux gens de se tourner vers Dieu et de vivre en paix les uns avec les autres. Il a travaillé avec les pauvres et les exclus. Ils n'avaient pas d'église, sauf une ruine. Saint François et ses amis ont reconstruit la petite église en ruine pour que les bergers et les autres pauvres puissent y pratiquer leur culte. Elle est appelée la "Portioncule". Francesco (François) a fondé l'Ordre des Franciscains. Il a été "canonisé" (fait saint) en 1228 et est connu sous le nom de Saint François. Il est l'un des saints les plus populaires.
Une grande église basilique a été construite sur le flanc de la montagne, en l'honneur de St François, et a été magnifiquement décorée de scènes de sa vie. L'une des scènes les plus célèbres montre l'histoire de Saint François prêchant aux oiseaux. En 1997, Assise a été frappée par les deux tremblements de terre. Une partie du toit de la basilique s'est effondrée, tuant quatre personnes qui se trouvaient en dessous, et endommageant le plafond peint. De nombreuses personnes ont "fait des dons" (donné de l'argent) pour réparer le bâtiment qui a été réouvert moins de deux ans plus tard.