Sièges individuels
En 1986, la Formule 3000 a été introduite au Japon. Mugen s'est associé à Honda pour construire un moteur F3000. Il a été introduit au cours de la saison 1987 et loué à 14 équipes. En 1988, Mugen a remporté quatre des cinq premières places du championnat japonais de F3000. En 1989, Mugen s'est lancé dans la F3000 européenne avec le moteur MF308. Ils ont remporté le championnat avec Jean Alesi au volant d'une Reynard. La même année, la société a produit son propre prototype de moteur de Formule 1 V8 de 3,5 litres, dont le nom de code est MF350.
En 1988, Mugen a commencé à régler les moteurs Honda pour la Formule 3. Ils ont remporté la série japonaise avec Akihiko Nakaya et, en 1990, se sont étendus à l'Europe. Mugen a remporté ses premiers championnats de Formule 3 en Europe. Il remporte le titre français avec Eric Hélary et la couronne britannique avec Mika Häkkinen. Ils ont également remporté le titre en 1991 avec Rubens Barrichello.
Formule 1
En 1991, Mugen a construit des moteurs Honda V10 pour Tyrrell. En 1992, le moteur a été rebaptisé Mugen MF351H. Le moteur a été utilisé par l'équipe de Footwork en 1992 et 1993.
En 1994, Mugen est passé à l'équipe Lotus avec la nouvelle Lotus 109. L'équipe était sous-financée et le châssis de la 109 arrivait en retard. La voiture et son moteur ont marqué un seul point. À la fin de l'année, Lotus a fermé ses portes.
Mugen est passé dans l'équipe Ligier en 1995. En 1996, Mugen a remporté sa première course de Formule 1. Le moteur 3,0 L, dont le nom de code est MF301H, a remporté le Grand Prix de Monaco 1996 avec Olivier Panis au volant.
Ligier a été repris par Alain Prost en 1997, et rebaptisé Prost Grand Prix. Lorsque Prost a changé les moteurs de Peugeot en 1998, Mugen a conclu un accord de deux ans avec Jordan Grand Prix. La saison 1998 s'est terminée par un doublé à Spa-Francorchamps avec Damon Hill et Ralf Schumacher.
En 1999, Heinz-Harald Frentzen a gagné deux fois et Jorden a terminé le championnat des constucteurs à la troisième place. En 2000, la Honda Motor Company a annoncé son retour en Formule 1. En 2000, Honda fournirait ses propres moteurs avec British American Racing. À la fin de la saison 2000, Mugen s'est retiré de la F1.
Course de voitures de sport
En 1998, Mugen s'est lancé dans les courses de voitures de sport. Ils ont construit plusieurs voitures de course NSX. En 2000, l'équipe Mugen/Dome a été championne.
En 2001, au JGTC, le Mugen NSX a remporté deux courses. En juin, la société a annoncé le nouveau V8 4.0 L. Le MF408S a été construit pour la principale classe de prototypes des 24 heures du Mans et de l'American Le Mans Series.