Le navire a quitté Ushuaia, en Argentine, le 11 novembre 2007, pour une croisière de 19 jours destinée à retracer la route de l'explorateur du XXe siècle Ernest Shackleton à travers le passage de Drake (une zone typiquement orageuse avec une mer agitée). Après avoir visité les îles Falkland et l'île de Géorgie du Sud, l'explorateur a heurté un objet submergé non identifié dans le détroit de Bransfield, près de l'île King George dans l'océan Antarctique, près des îles Shetland du Sud, le 23 novembre 2007. L'objet heurté par le Explorer a provoqué un trou de 10 pouces sur 4 (25 × 10 cm) à bâbord du navire (côté gauche) qui a permis à l'eau de mer de pénétrer dans le navire.
Un passager a signalé la présence d'eau de mer dans la cabine vers 03:00 UTC. Bien que certains rapports indiquent qu'il n'y a pas eu d'impact notable, ou du moins rien de plus que le craquement normal de la glace ressenti lors de la navigation dans les eaux glacées, d'autres rapports disent qu'il y a eu une forte détonation. Certains rapports indiquent également que le navire a dérivé dans un iceberg sur le côté tribord de l'Explorer pendant que l'équipage évaluait les dommages causés par l'impact initial sur le côté bâbord du navire.
Le navire a lancé un appel au secours à 04:24 UTC, et les opérations de sauvetage ont été rapidement coordonnées par la préfecture navale (corps des garde-côtes) de la République argentine et le centre de recherche et de sauvetage de la marine chilienne. Le Chili a dépêché le brise-glace Almirante Viel et les navires commerciaux proches, dont le MN Ushuaia, le National Geographic Endeavor et le navire norvégien MS Nordnorge, qui opérait alors comme navire de croisière pour passagers. À 7h30 TU, les 91 passagers, 9 guides et 54 membres d'équipage, originaires de plus de 14 pays, ont quitté le navire et se sont rendus dans les radeaux de sauvetage, où ils ont dérivé pendant trois à quatre heures, jusqu'à ce qu'ils soient récupérés par le navire norvégien MS Nordnorge, qui est arrivé sur les lieux à 10h00 TU. On pense que l'Explorer a coulé vers 19h00 UTC. Par coïncidence, au début de l'année 2007, le MS Nordnorge a participé à un autre sauvetage en Antarctique lorsqu'il a évacué 294 passagers d'un navire jumeau, le MS Nordkapp, alors que le Nordkapp s'est échoué sur l'île de la Déception, une partie de ce même archipel isolé des îles Shetland du Sud.
Certaines des personnes sauvées par le Nordnorge ont été emmenées à la station chilienne Eduardo Frei Montalva sur l'île King George. Ils ont ensuite été transportés par des avions de transport C-130 Hercules de l'armée de l'air chilienne à Punta Arenas, au Chili, en deux vols distincts, le samedi 24 novembre et le dimanche 25 novembre 2007. Environ 70 des survivants ont été emmenés à la base d'Artigas en Uruguay. L'Explorer a coulé dans les 20 heures après avoir heurté un objet submergé inconnu qui serait de la glace.
