Le clonage moléculaire est un type de travail en biologie moléculaire. Il est utilisé pour assembler des molécules d'ADN recombinant et pour diriger leur réplication dans des organismes hôtes. L'utilisation du mot clonage signifie qu'une molécule d'ADN provenant d'une seule cellule vivante est utilisée pour fabriquer une grande population de cellules contenant des molécules d'ADN identiques. Les méthodes de clonage moléculaire sont au cœur de nombreux domaines de la biologie et de la médecine modernes.

Le clonage moléculaire utilise généralement les séquences d'ADN de deux organismes différents : l'espèce qui est la source de l'ADN à cloner, et l'espèce qui servira d'hôte vivant pour la multiplication (réplication) de l'ADN recombinant.

Dans une expérience de clonage moléculaire, l'ADN à cloner est obtenu à partir d'un organisme d'intérêt, puis traité avec des enzymes dans le tube à essai pour obtenir des fragments d'ADN plus petits. Ces fragments sont ensuite joints à l'ADN vecteur pour produire des molécules d'ADN recombinant. L'ADN recombinant est ensuite introduit dans un organisme hôte (généralement une souche de laboratoire bénigne et facile à cultiver de la bactérie E. coli). Cela produit une population d'organismes dans laquelle les molécules d'ADN recombinant sont répliquées avec l'ADN hôte. Comme ils contiennent des fragments d'ADN étrangers, ces micro-organismes sont "transgéniques" ou génétiquement modifiés (OGM).

Ce processus tire parti du fait qu'une seule cellule bactérienne peut être amenée à absorber et à répliquer une seule molécule d'ADN recombinant. Cette cellule unique peut ensuite se développer de manière exponentielle pour générer une grande quantité de bactéries, chacune contenant des copies de la molécule recombinante originale. Ainsi, tant la population bactérienne résultante que la molécule d'ADN recombinant sont communément appelées "clones". À proprement parler, l'ADN recombinant désigne les molécules d'ADN, tandis que le clonage moléculaire désigne les méthodes expérimentales utilisées pour les assembler.