Le commerce entre les habitants de la région de Mogadiscio et les autres régions d'Afrique situées le long de la côte de la mer de Somalie a commencé dès le 1er siècle. Des commerçants musulmans de la péninsule arabique sont venus dans la région au cours du 10e siècle. En raison des échanges commerciaux avec eux, l'Islam s'est répandu en Somalie. Les Portugais ont tenté de prendre le contrôle de la ville, mais ont échoué. En 1871, Barghash bin Said, le sultan de Zanzibar, contrôlait la ville.
En 1892, Ali bin Said a laissé l'Italie utiliser la ville. L'Italie a acheté la ville en 1905. Ils ont fait de Mogadiscio (en italien Mogadiscio) la capitale du Somaliland italien. Les Italiens ont pris le contrôle de la zone autour de la ville en 1919 après une légère résistance. Mogadiscio italienne est passée d'un petit village de 1 000 habitants dans les années 1890 à une capitale moderne en 1940 de près de 100 000 personnes (dont plus d'un tiers d'Italiens), qui était la deuxième ville d'Erythrée après Asmara pour le développement au sein de l'Empire italien.
Les forces britanniques qui étaient au Kenya pendant la Seconde Guerre mondiale ont capturé Mogadiscio le 26 février 1941. Les Britanniques ont régné jusqu'à ce qu'ils redonnent à l'Italie le contrôle de la ville en 1952. La Somalie est devenue indépendante en 1960, avec Mogadiscio comme capitale.
Les forces rebelles sont entrées et ont pris la ville en 1990. Elles ont forcé le président Mohamed Siad Barre à démissionner et à quitter le pays en janvier 1991. Il s'est rendu à Lagos, au Nigeria. Certains des rebelles ont déclaré que Ali Mahdi Muhammad était le nouveau président. D'autres ont dit que Mohamed Farrah Aidid était le président. Un groupe de Marines américains a débarqué près de Mogadiscio le 9 décembre 1992. Ils ont été la première partie des forces de maintien de la paix des Nations Unies pendant l'opération "Restore Hope" à se rendre dans le pays.