La surface actuelle de la fosse de Messel se trouve à environ 60 m sous la terre locale et sa superficie est d'environ 0,7 km². Le lit de schiste bitumineux s'étendait à l'origine jusqu'à une profondeur de 190 m. Il y a 47 millions d'années, à l'Éocène, lorsque les gisements de Messel se sont formés, la région était 10° plus au sud qu'elle ne l'est aujourd'hui. Cette période se situait juste après le maximum thermique du Paléocène-Éocène, et le climat et l'écologie du site étaient très différents de ce qu'ils sont aujourd'hui. Une grande série de lacs, entourés de forêts subtropicales luxuriantes, abritait une incroyable diversité de vie. Le lit du lac Messel était probablement un point central de drainage des rivières et des ruisseaux voisins. Les dépôts de la fosse ont été formés à l'époque éocène du Paléogène, il y a environ 47 millions d'années. Ceci est basé sur la datation des fragments de basalte sous les strates fossilifères.
Le schiste bitumineux, formé par le lent dépôt anoxique de boue et de végétation morte sur le fond du lac, est la roche primaire du site.
Ses sédiments s'étendent sur 130 m vers le bas et reposent sur une fondation de grès plus ancienne. Les fossiles dans le schiste montrent une clarté et une préservation remarquables en raison des caractéristiques de dépôt uniques du lac.
Les couches supérieures du lac avaient beaucoup de vie, mais le fond était anoxique. Comme l'eau n'était pas très perturbée, peu d'oxygène se retrouvait dans les niveaux inférieurs. Cela a empêché de nombreuses espèces épifauniques (vivant au fond) et infauniques (fouisseurs) d'y vivre. C'est pourquoi les cadavres étaient si peu endommagés. Le renversement des couches du lac (causé par les variations saisonnières) a fait baisser la teneur en oxygène près de la surface et a entraîné une "mort" périodique des espèces aquatiques. Combiné à un taux de dépôt relativement faible (0,1 mm/an), c'était un environnement idéal pour la préservation de la faune et de la flore.
Rejets de gaz volcaniques
La zone autour de la fosse de Messel a été géologiquement et tectoniquement active pendant l'Éocène. Les rejets de gaz volcaniques pourraient expliquer les importants dépôts d'espèces non aquatiques.
Les déplacements souterrains ont libéré de grandes concentrations de gaz réactifs (tels que le dioxyde de carbone et le sulfure d'hydrogène) dans le lac et les écosystèmes adjacents, tuant les organismes sensibles. Lors de ces rejets, les oiseaux et les chauves-souris peuvent être tombés s'ils se trouvent près de la surface du lac, et les terrestres peuvent être submergés près des rives du lac.