La microbiologie médicale, également connue sous le nom de ''microbiologie clinique'', est l'étude des microbes, tels que les bactéries, les virus, les champignons et les parasites, qui provoquent des maladies chez l'homme et de leur rôle dans la maladie.

Les microbes et la branche de la microbiologie sont les plus étudiés en raison de leur grande importance pour la médecine.

La microbiologie médicale étudie le développement et la progression de la maladie infectieuse chez un patient et dans la population humaine (épidémiologie). Elle est liée à l'étude de la pathologie et de l'immunologie des maladies. C'est une branche de la médecine et de la microbiologie qui comprend cinq sciences : la bactériologie, la virologie, la parasitologie, l'immunologie et la mycologie.