À la fin du XIXe siècle, la British North Borneo Company (BNBC) a commencé à établir des colonies dans tout le nord de Bornéo (aujourd'hui Sabah). En 1882, la Compagnie a fondé une petite colonie sur l'île de Gaya (Pulau Gaya), qui était déjà habitée par le peuple Bajau. En 1897, cette première colonie a été brûlée et détruite par les rebelles Bajau dirigés par Mat Salleh.
Après la rébellion, la Compagnie a décidé de déplacer la colonie sur le continent, plus facilement défendu, en face de Pulau Gaya. Un village de pêcheurs proche, nommé Api-Api (voir les noms originaux ci-dessous), fut le prochain lieu d'implantation de la Compagnie. Ce nouvel emplacement fut alors désigné comme le port principal, ainsi que le terminus du chemin de fer de Bornéo Nord. Il a été agrandi et rebaptisé Jesselton, du nom de Sir Charles Jessel, alors vice-président de la compagnie.
Finalement, Jesselton est devenu un important comptoir commercial du nord de Bornéo, où l'on faisait le commerce du caoutchouc, du rotin, du miel et de la cire. Le nouveau chemin de fer a été utilisé pour transporter des marchandises vers le port de Jesselton. Les soulèvements de Bajau à cette époque n'étaient pas rares, et la compagnie s'est efforcée de réprimer la menace de longue date de la piraterie dans la région.
Jesselton a été rasé par les Britanniques qui battaient en retraite au début de la Seconde Guerre mondiale pour éviter qu'il ne tombe entre les mains des Japonais. Après la prise de Bornéo par les Japonais, elle a été rebaptisée Api. Des rébellions contre l'administration militaire japonaise ont eu lieu à Api. Une rébellion majeure s'est produite en 1943 par le groupe appelé Guérillas Kinabalu, composé d'habitants locaux. La rébellion a cependant été réprimée par les forces japonaises, après que leur chef, Albert Kwok, ait été arrêté et exécuté en 1944. À la fin de la guerre, ce qui restait de la ville fut à nouveau détruit par les bombardements alliés dans le cadre de la campagne de Bornéo en 1945, ne laissant que trois bâtiments debout. La guerre au nord de Bornéo s'est terminée avec la reddition officielle de la 37e armée japonaise par le lieutenant général Baba Masao à Labuan le 10 septembre 1945.
Après la guerre, la compagnie britannique North Borneo est revenue pour administrer Jesselton mais n'a pas pu financer les énormes coûts de la reconstruction. Ils ont donné le contrôle de Bornéo Nord à la Couronne britannique en 1946. Le nouveau gouvernement colonial a choisi de reconstruire Jesselton comme capitale de Bornéo du Nord au lieu de Sandakan, qui avait également été détruit par la guerre.
Lorsque Bornéo Nord, le Sarawak, Singapour et la Fédération de Malaisie ont formé la Fédération de Malaisie en 1963, l'état est devenu connu sous le nom de Sabah et Jesselton est resté sa capitale. Jesselton a été rebaptisée Kota Kinabalu le 30 septembre 1968 et a reçu le statut de ville officielle du gouvernement malaisien le 2 février 2000.
Étymologie
Kota Kinabalu porte le nom du mont Kinabalu, situé à environ 90 kilomètres à l'est-nord-est de la ville. La signification et l'origine du nom Kinabalu sont incertaines. Une théorie suggère qu'il signifie "veuve chinoise", où Kina signifie "chinois" (personne) en langue kadazandusun, et balu signifie "veuve" en langue malaise. Cette théorie découle d'un conte populaire qui raconte qu'un prince chinois est venu dans la montagne à la recherche d'une perle géante qui était gardée par un dragon au sommet de la montagne. Pendant qu'il était là, il a épousé une femme locale, mais il est ensuite retourné en Chine et a laissé la femme le cœur brisé. Il est également avancé que Kinabalu ou Akinabalu est le nom du dragon qui garde la perle géante elle-même. Une autre théorie suggère que le terme est dérivé du nom Aki Nabalu qui signifie "lieu vénéré des morts", où Aki signifie "ancêtres" ou "grand-père", et Nabalu étant un nom pour la montagne dans la langue Dusun. Enfin, une source affirme que le terme provient de Ki Nabalu, où Ki signifie "avoir" ou "exister", et Nabalu signifie "esprit des morts".
Kota est un mot malais qui désigne un "fort", une "ville" ou une "cité". Il est également utilisé officiellement dans quelques autres villes malaisiennes, par exemple Kota Bahru, Kota Tinggi et Kota Kemuning. Il peut également être utilisé de manière informelle pour désigner n'importe quelle ville. Désormais, une traduction directe du nom Kota Kinabalu en anglais serait "City of Kinabalu" ou "Kinabalu City".
Noms d'origine
Outre Jesselton, il y a eu un certain nombre d'autres revendications concernant le nom original de Kota Kinabalu. Le plus populaire, comme mentionné ci-dessus, est Api-Api, ou parfois simplement Api, qui est un mot malais signifiant "feu". Il a apparemment été nommé ainsi par les habitants de Bajau principalement pour désigner l'incendie du bureau administratif britannique de Pulau Gaya provoqué par Mat Salleh, ainsi que d'autres incidents d'incendie normalement perpétrés par des pirates. Il y a cependant des allégations selon lesquelles il aurait en fait été nommé d'après une rivière voisine appelée Sungai Api-Api. Une autre théorie affirme que "Api-Api" est le nom local de l'arbre Avicennia commun qui pousse en abondance dans la région. Traduit dans le nom chinois formel de Ya Bi (亚庇 yà bì), les Hakkas ont ici aussi adopté ce nom (亚庇, "ah-bi" qui se prononce en Hakka, dialectes chinois) et certains utilisent encore ce nom à ce jour. Outre Api-Api, un autre nom historique a été suggéré : Deasoka, qui signifie en gros "sous le cocotier" en langue bajau. Les habitants de Bajau auraient utilisé ce nom pour désigner un village situé dans la partie sud de la ville et rempli de cocotiers. Un autre nom était Singgah Mata, qui signifie littéralement "œil de transit", mais qui peut être traduit librement par "agréable à l'œil". Ce nom aurait été donné par des pêcheurs de Pulau Gaya en référence à la bande de terre de ce qui est aujourd'hui le centre ville de Kota Kinabalu. Aujourd'hui, tous ces noms ont été immortalisés en noms de rues ou de bâtiments autour de la ville. En voici quelques exemples : Lintasan Deasoka, Api-Api Centre, Jalan Singgah Mata, et Jesselton Point.