Le Khoisan est le nom de deux peuples d'Afrique australe : les San et les Khoikhoi. Les San sont des bushmen à la recherche de nourriture, et les Khoi sont un peuple pastoral anciennement connu sous le nom de Hottentots. La relation entre les deux groupes n'est pas très claire. Les San sont généralement plus petits que les autres humains de la région. Ils sont également très différents des autres groupes humains de la région. En 2018, il reste entre 90.000 et 100.000 San. La plupart d'entre eux vivent au Botswana et en Namibie. Il existe des minorités San en Afrique du Sud, en Angola, en Zambie et au Zimbabwe.
Les San faisaient partie des premiers habitants (indigènes) de l'Afrique australe. Puis les migrations bantoues vers le sud, en provenance d'Afrique du Nord et de l'Est, ont atteint la région il y a 700 ans. Les populations bantoues ont déplacé les Khoi et les San pour devenir les habitants prédominants de l'Afrique australe.
Le Khoisan "a été la plus grande population sur Terre à un moment donné", selon un généticien évolutionniste. La preuve de la présence originelle des Khoisan en Afrique du Sud est la répartition de leurs langues aujourd'hui. Les groupes linguistiques khoisans présentent souvent des différences extrêmes de structure et de vocabulaire malgré leur proximité, ce qui démontre une longue période d'établissement et de co-évolution des langues dans la même région.
Charles Darwin a écrit sur les Khoisan et la sélection sexuelle dans The Descent of Man en 1882, commentant que leur stéatopygie a évolué par le biais de la sélection sexuelle dans l'évolution humaine, et que "la partie postérieure du corps se projette de manière merveilleuse".
Dans les années 1990, des études génomiques sur les peuples du monde ont montré que le chromosome Y des hommes San partageait des polymorphismes différents de ceux de toutes les autres populations. Comme le chromosome Y change peu, ce type de test ADN est utilisé pour déterminer quand différents sous-groupes humains se sont séparés les uns des autres. Cela montre leur dernière ascendance commune. Les auteurs de ces études suggèrent que les San pourraient avoir été l'une des premières populations à se différencier de l'ancêtre commun le plus récent de tous les humains vivants, dont on estime qu'il a vécu il y a 60 000 à 90 000 ans.
