Les Archamoebes sont un groupe important d'amibes. Ils sont inhabituels chez les protistes car ils n'ont pas de mitochondries.
Le groupe comprend de nombreux genres qui sont des parasites internes ou des commensales des animaux : par exemple Entamoeba et Endolimax. Certains sont des agents pathogènes pour l'homme et provoquent des maladies telles que la dysenterie amibienne. D'autres genres d'archamoebes vivent dans des habitats d'eau douce et possèdent des flagelles. La plupart ont un seul noyau et un flagelle, mais l'amibe géante Pelomyxa en a plusieurs de chaque genre.
L'analyse de 100 gènes montre que les Archamoebes font partie des Amibozoaires qui ont perdu leurs mitochondries. Ils sont des parents proches des moisissures visqueuses. Les formes parasitaires et commensales comme Entamoeba et Endolimax se sont développées séparément des ancêtres vivant en liberté.