Après l'attaque de Pearl Harbor le 7 décembre 1941, la Marine japonaise et son armée de l'air ont été défaites dans plusieurs batailles importantes, comme celle de Midway et de la mer des Philippines. Ils ont perdu de nombreux navires (y compris presque tous les porte-avions japonais), des centaines d'avions de chasse et un grand nombre de leurs meilleurs pilotes. L'industrie japonaise était petite et très pauvre par rapport à l'industrie américaine. Pour cette raison, les États-Unis ont très rapidement remplacé leurs navires et avions perdus par de meilleurs, mais le Japon ne pouvait en fabriquer que peu, et de mauvaise qualité. En 1943-44, les forces alliées se dirigeaient vers le Japon. Lors de la bataille de la mer des Philippines, les 19 et 20 juin 1944, les forces japonaises ont été repoussées vers les Philippines.
Le 15 juillet, Saipan (dans les îles Mariannes du Nord) a été capturé par les forces alliées. La capture de Saipan a permis à l'armée de l'air américaine d'attaquer le Japon lui-même, en utilisant des bombardiers B-29 Superfortress. Après la chute de Saipan, les commandants japonais savaient que les Alliés tenteraient ensuite de capturer les Philippines. Les Philippines étaient très importantes car elles étaient situées entre les champs pétrolifères de l'Asie du Sud-Est et le Japon. Si le Japon perdait le contrôle des Philippines, il leur resterait peu de carburant pour leurs navires. Le 17 octobre, les Alliés ont lancé l'attaque sur les Philippines lors de la bataille du Golfe de Leyte.
Le vice-amiral Takijiro Onishi était responsable de l'armée de l'air japonaise à Manille. Il a compris qu'il était impossible de gagner la bataille avec si peu d'avions et de pilotes entraînés. Pour cette raison, il a décidé de former une force d'attaque suicide, l'Unité Spéciale d'Attaque. Un groupe de 24 élèves-pilotes s'est porté volontaire pour cette mission. La force d'attaque spéciale a été organisée en 4 groupes, l'unité Shikishima, l'unité Yamato, l'unité Asahi et l'unité Yamazakura. Ces noms sont tirés d'un poème patriotique (waka ou tanka), écrit par le poète classique japonais Motoori Norinaga : (敷島の 大和心を 人問はば 朝日に匂う 山桜花). Le poème se lit comme suit : "Shikishima no Yamato-gokoro wo hito towaba, asahi ni niou yamazakura bana
|  | Si quelqu'un vous interroge sur l'esprit Yamato (esprit du Japon ancien/vrai) de Shikishima (nom poétique du Japon) - ce sont les fleurs de yamazakura (fleur de cerisier des montagnes) qui sont parfumées dans l'Asahi (soleil levant). (Une traduction moins littérale pourrait être lue comme : Si quelqu'un s'interroge sur l'esprit du Japon, ce sont les fleurs de cerisiers des montagnes qui sont parfumées au soleil levant. ) |  |
Les Japonais ont été vaincus à la bataille du golfe de Leyte, mais la force d'attaque spéciale a connu un grand succès. La première attaque kamikaze a eu lieu le 21 octobre 1944 contre le navire amiral de la Royal Australian Navy, le HMAS Australia. 30 marins moururent lors de l'attaque, dont son capitaine Emile Dechaineux, et beaucoup d'autres furent blessés. Le 26 octobre, 47 autres navires alliés avaient été attaqués. La plupart d'entre eux ont été gravement endommagés ou coulés, comme le porte-avions américain USS St.
Ce succès précoce a convaincu les commandants japonais de poursuivre les attaques kamikazes. De nombreux autres pilotes ont été recrutés pour agir en tant que kamikazes. Au cours des mois suivants, plus de 2 000 avions ont effectué de telles attaques. Lorsque le stock d'avions japonais commença à diminuer, de nouveaux modèles de faible qualité furent construits pour ces missions. Certains d'entre eux, comme le Nakajima Ki-115 Tsurugi, étaient principalement en bois et utilisaient des stocks de moteurs plus anciens. Le train d'atterrissage de l'avion était généralement largué par le pilote après le décollage afin qu'il puisse être utilisé par d'autres avions, car il ne se poserait plus. Des programmes d'attentats-suicides similaires étaient prévus, notamment des bombes-roquettes avec pilotes (appelées Ohka) et des torpilles sous-marines (Kaiten).
Le point culminant des attaques kamikazes est survenu du 6 avril au 25 mai 1945 lors de la bataille d'Okinawa, dans le cadre de l'opération Kikusui ("chrysanthèmes flottants"). Au cours de cette période, sept importantes vagues d'attaques ont eu lieu, avec plus de 1 500 avions kamikazes. Leur formation ayant été trop courte et leurs avions étant mal construits, les pilotes kamikazes étaient des cibles faciles pour les pilotes alliés expérimentés, qui disposaient également d'avions bien meilleurs. Mais les kamikazes qui ont échappé aux tirs anti-aériens et aux avions de chasse ennemis ont tout de même causé de gros dégâts à la flotte alliée. Les Alliés ont gagné la bataille, mais ils ont perdu beaucoup de navires et d'hommes à cause des attaques kamikazes. À la fin de la bataille, au moins 21 navires américains avaient été coulés par des kamikazes. Certains navires d'autres marines alliées ont également été coulés, et des dizaines d'autres ont été endommagés.
Des centaines d'avions kamikazes supplémentaires étaient prêts à défendre le Japon contre l'invasion. Cependant, avec la reddition du Japon le 15 août après les bombardements atomiques d'Hiroshima et de Nagasaki et la déclaration de guerre de l'Union soviétique, ils n'ont plus jamais été utilisés.