Le docteur Tom Jackman (James Nesbitt) est un père marié de deux enfants. Il a abandonné sa famille sans explication pour vivre dans un appartement en sous-sol fortement fortifié. Il engage l'infirmière psychiatrique Katherine Reimer (Michelle Ryan) pour l'aider. Après avoir expliqué à Katherine un ensemble de procédures de sécurité élaborées, il s'attache à une chaise en métal et subit une transformation.
Katherine observe que l'alter ego de Tom fait preuve de rage, de sens exacerbés, de force et de rapidité, et d'une façon de flirter. Elle assure à ce personnage qu'elle gardera ses secrets tout comme elle garde ceux de Tom. Elle demande des garanties qu'il ne lui fera pas de mal. L'alter ego de Tom prend le nom de Hyde. Les deux hommes concluent une trêve précaire. Ils partagent un corps, mais aucun des deux ne se souvient de ce que l'autre a fait pendant qu'il était en charge. Ils utilisent un micro enregistreur à cassette pour se laisser des messages.
Lorsque Tom a commencé à se transformer en Hyde violent, il a craint pour la sécurité de sa famille. Il a choisi de s'isoler d'eux. Il rend visite à sa femme Claire (Gina Bellman). Au cours de cette visite, Hyde prend le contrôle et apprend à connaître la famille de Tom.
Miranda Callendar, jouée par Meera Syal, est une détective employée par Claire. Elle raconte à Tom que Jekyll et Hyde n'était pas une fiction, mais une version des faits réels. Miranda montre à Tom une photo du vrai Docteur Jekyll qui vivait à Edimbourg au XIXe siècle. Tom est surpris de voir que Jekyll lui ressemble.
Tom est également surveillé par une équipe de sécurité privée dirigée par un Américain du nom de Benjamin, joué par Paterson Joseph. L'équipe travaille pour ses anciens employeurs de la société de biotechnologie, Klein et Utterson. L'équipe est dirigée par son ami Peter Syme, joué par Denis Lawson.
Lorsque Benjamin met les enfants de Tom en danger, Hyde s'affirme et tue un lion. À l'hôpital, il est approché par Sophia, une femme âgée qui prétend être sa mère, mais avant qu'il ne puisse l'interroger, elle disparaît.
Tom confronte Peter, qui tente de le droguer. Cela provoque l'apparition de Hyde qui prend Peter et Claire en otage. Claire soutient qu'ils doivent trouver un remède à l'état de Tom. Hyde tue Benjamin. Peter dit que Klein et Utterson ont un remède depuis longtemps. Tom est capturé et enfermé dans un cercueil en métal.
Katherine et Miranda confrontent Peter, affirmant qu'elles savent la vérité sur Tom. Miranda pense que Klein et Utterson ont accès à la technologie du clonage et que Tom est le clone de Jekyll. Peter nie tout cela et ordonne qu'ils soient emmenés à la mort.
Peter révèle à Claire que le traitement de Tom fera de lui un personnage unique. Si c'est Hyde, il sera gardé pour la recherche. Ils feront la potion qui a transformé le Jekyll original en Hyde. Si c'est Tom, elle sera libre de le ramener chez elle. Lorsque la boîte est ouverte, Hyde est dominant.
Dans un flashback déclenché par la mémoire génétique, M. Hyde a la vision d'une rencontre entre le Dr Jekyll et Robert Louis Stevenson, l'auteur de Strange Case of Dr Jekyll and Mr Hyde. Stevenson accepte d'écrire une version fictive de l'affaire Jekyll mais révèle qu'il connaît la vérité : il n'existe pas de potion. Au lieu de cela, Jekyll a été transformé en Hyde par son amour pour Alice, une femme de ménage de sa maison. Des flashbacks dans la vie de Tom montrent que son Hyde est apparu pour la première fois pendant des vacances au bord de la mer avec Claire, après que les deux hommes aient été accostés par des hooligans.
Enragé par les nouvelles menaces qui pèsent sur la famille de Tom, Hyde s'échappe de Klein et Utterson. Mme Utterson, une impitoyable Américaine rousse à la tête de Klein et Utterson, prend Claire et ses fils en otage dans un domaine privé. Elle enferme les jumeaux dans des versions miniatures du cercueil utilisé sur leur père.
La mère présumée de Tom, Sophia, apparaît sur les lieux et aide Claire à s'échapper de sa chambre verrouillée. Elle raconte à Claire comment Klein et Utterson ont essayé de cloner le Docteur Jekyll, mais sans succès. Claire rencontre plusieurs des tentatives ratées dans le sous-sol de l'immeuble. Ils sont défigurés et dans un état quasi végétatif. Sophia explique que Tom est un descendant du Docteur Jekyll, par l'intermédiaire de M. Hyde, et par hasard "un retour parfait, une chance sur un million". Klein et Utterson l'avaient découvert et l'avaient observé dès l'âge de six mois. Afin de déclencher sa transformation en Hyde, ils ont créé un clone d'Alice, la bonne que Jekyll avait aimée. Ce clone est Claire elle-même.
Hyde tente de sauver la famille de Tom de Klein et Utterson. Il tue Peter. Il y a une impasse, les fils de Tom et Claire sont retenus en otage et suffoquent. La personnalité de Hyde est apparemment tuée lorsqu'il est atteint de plusieurs balles et parvient ensuite à éviter de "partager les dégâts" en prenant les blessures sur lui tout en permettant à Tom d'assumer sa forme saine et intacte, laissant le docteur Jackman comme seule personnalité.
Six mois plus tard, Tom a retrouvé Sophia, la femme qui prétendait être sa mère. Lorsqu'il l'interroge sur son père, elle révèle qu'elle est la descendante de Hyde. Il avait hérité d'elle la malédiction familiale. Alors que Tom regarde avec horreur, Sophia, impuissante, fatiguée et aux cheveux gris, se transforme en sa propre version du personnage de Hyde, la rouquine Mme Utterson.
