Les premiers habitants du Japon ont été les Ainus et d'autres personnes de Jōmon. Ils étaient plus proches des Européens ou des Arabes. Ils ont ensuite été conquis et remplacés par le peuple Yayoi (premiers Japonais et Ryukyuans). Les Yayoi étaient un ancien groupe ethnique qui a migré vers l'archipel japonais principalement depuis le sud-est de la Chine pendant la période Yayoi (300 avant JC-300 après JC). Les Japonais modernes ont principalement des ancêtres Yayoi à 97 % en moyenne. En revanche, les peuples indigènes Ryukyuan et Ainu ont une ascendance plus Jōmon
Les premiers documents sur le Japon proviennent de documents chinois. L'un de ces documents dit qu'il y avait de nombreux petits pays (au Japon) qui étaient en guerre entre eux et plus tard un pays, dirigé par une reine, est devenu le plus fort, a unifié les autres et a apporté la paix.
Les Japonais ont commencé à écrire leur propre histoire après les 5e et 6e siècles, lorsque des Coréens et des Chinois ont enseigné au Japon le système d'écriture chinois. Les voisins du Japon leur ont également enseigné le bouddhisme. Les Japonais ont changé le bouddhisme de nombreuses façons. Par exemple, les bouddhistes japonais ont utilisé des idées telles que le zen plus que les autres bouddhistes.
Le Japon a eu quelques contacts avec les Européens au XVIe siècle. Les Portugais ont été les premiers Européens à visiter le Japon. Plus tard, les Espagnols, les Anglais et les Néerlandais sont venus au Japon pour faire du commerce. Ils ont également apporté le christianisme. Les dirigeants japonais les ont accueillis au début, mais comme les Européens avaient conquis de nombreux endroits dans le monde, les Japonais avaient peur de conquérir le Japon aussi. Les Japonais n'ont donc plus laissé les Européens entrer au Japon, sauf dans une petite zone de la ville de Nagasaki. De nombreux chrétiens ont été tués. Seuls les Chinois, les Coréens et les Néerlandais ont finalement été autorisés à visiter le Japon, et ils étaient sous le contrôle attentif du gouvernement japonais. Le Japon a de nouveau été ouvert aux visiteurs en 1854 par le commodore Matthew Perry, lorsque les Américains ont voulu utiliser les ports japonais pour les baleiniers américains. Perry a fait venir des bateaux à vapeur avec des canons, ce qui a effrayé les Japonais et les a poussés à conclure un accord avec lui.
Ce nouveau contact avec les Européens et les Américains a changé la culture japonaise. La restauration Meiji de 1868 a mis fin à certaines anciennes méthodes et en a ajouté de nombreuses nouvelles. L'Empire du Japon a été créé, et il est devenu une nation très puissante et a tenté d'envahir les pays voisins. Il a envahi et annexé le royaume des Ryukyu, Taïwan et la Corée. Il a mené des guerres avec la Chine et la Russie : la première guerre sino-japonaise, la rébellion des Boxeurs, la guerre russo-japonaise et la deuxième guerre sino-japonaise, qui a pris de l'ampleur pour devenir une partie de la Seconde Guerre mondiale lorsque le Japon s'est allié à l'Allemagne nazie et à l'Italie fasciste.
En 1941, le Japon a attaqué Pearl Harbor à Hawaii, une base navale des États-Unis, et a détruit ou endommagé de nombreux navires et avions. C'est ainsi qu'a débuté l'implication des États-Unis dans la Seconde Guerre mondiale. Les forces américaines et japonaises se sont affrontées dans le Pacifique. Une fois les bases aériennes établies à portée du continent japonais, l'Amérique a commencé à gagner, et a commencé à larguer des bombes sur les villes japonaises. L'Amérique a été capable de bombarder la plupart des villes importantes et a rapidement amené le Japon au bord de la défaite. Pour obliger le Japon à se rendre, les États-Unis larguèrent deux bombes atomiques sur les villes d'Hiroshima et de Nagasaki, tuant 150 000 citoyens japonais. Peu de temps après, l'Union soviétique a commencé à se battre contre le Japon, et l'armée japonaise a perdu en Mandchourie. Le Japon se rendit et céda toutes les places qu'il avait prises aux autres pays, acceptant la Proclamation de Potsdam. Les États-Unis ont occupé le Japon et l'ont forcé à rédiger une nouvelle constitution, dans laquelle il promettait de ne plus jamais faire la guerre.