Le livre comporte deux parties. La première partie s'appelle "Ishi le Yahi". Elle raconte l'histoire et la culture du peuple Yahi. La deuxième partie s'appelle "Mister Ishi". Elle raconte sa vie au musée.
La première partie commence par l'histoire de la Californie avant la colonisation européenne. Kroeber écrit que bien qu'il y ait eu peu de Yahi, ils ont autrefois occupé une grande partie de la vallée de Sacramento. D'autres peuples amérindiens, plus nombreux, ont probablement poussé les Yahi dans les montagnes. La première partie décrit également la langue des Yahi et le paysage où ils vivaient près du mont Lassen.
Plusieurs chapitres de la première section traitent de la destruction des Yahi par les colons blancs. La deuxième partie du livre commence par une histoire du musée de San Francisco où Ishi a été emmené. Elle raconte également comment il a obtenu le nom d'Ishi. Au musée, Alfred Kroeber et d'autres ont organisé des manifestations publiques hebdomadaires. Ishi faisait généralement des démonstrations en tirant à l'arc ou en faisant du feu avec un exercice d'incendie. Finalement, les amis d'Ishi ont dû s'arranger pour qu'Ishi travaille comme concierge, de sorte que l'université payait pour le soutenir. En plus de Kroeber, Waterman et Pope, Ishi se lie d'amitié avec d'autres amis amérindiens des anthropologues, comme Juan Dolores, un Indien Tohono O'odham. Ishi a passé une grande partie de son temps au musée à fabriquer des outils et des armes. Il est également allé à la chasse avec ses amis. Le dernier chapitre du livre raconte qu'Ishi est tombé malade de la tuberculose à la fin de 1914, et qu'il en est mort peu après.
