Des variations intersexuelles se produisent (bien que rarement) chez les espèces qui utilisent la reproduction sexuée. Les personnes intersexuées naissent avec des caractéristiques sexuelles qui se situent entre celles des mâles typiques et des femelles typiques. Hermaphrodite est un terme qui se confond avec intersexuel, et si tous les hermaphrodites sont intersexuels, toutes les personnes intersexuelles ne sont pas hermaphrodites. Le terme clinique "troubles du développement sexuel" (TDS) est très controversé.

Les organes génitaux d'une personne intersexuée peuvent être atypiques d'une certaine manière. Il peut être difficile de déterminer si un bébé intersexué est génétiquement masculin ou féminin (avec des chromosomes XY ou XX). Ils peuvent également présenter des caractéristiques sexuelles secondaires masculines et/ou féminines (comme la forme du corps). Toutefois, l'anatomie sexuelle varie considérablement. Il existe de nombreuses formes plus subtiles d'anatomie sexuelle, ou de différences entre les chromosomes sexuels. Celles-ci ne se manifestent même pas physiquement. Certaines ne se manifesteront que plus tard dans la vie. Parfois, la variation peut apparaître lorsque le bébé atteint la puberté ou devient adulte. Elle peut même ne pas être détectée au cours de la vie d'un individu, mais au fur et à mesure que la technologie progresse, cette chance diminue.