Les applications de messagerie instantanée ont commencé à apparaître dans les années 1970 sur des systèmes d'exploitation multi-utilisateurs comme UNIX, d'abord pour faciliter la communication avec d'autres utilisateurs connectés à la même machine, puis sur le réseau local, et enfin sur Internet. Certaines d'entre elles utilisaient un protocole de poste à poste (par exemple talk, ntalk et ytalk), tandis que d'autres nécessitaient que les pairs se connectent à un serveur (voir talker et IRC). Comme tous ces protocoles étaient basés dans une fenêtre de console, la plupart de ceux qui ont découvert l'internet au milieu des années 1990 et l'ont assimilé au web ont eu tendance à ne pas les rencontrer.
Dans la seconde moitié des années 80 et au début des années 90, le service en ligne Quantum Link pour les ordinateurs Commodore 64 proposait des messages d'utilisateur à utilisateur entre les clients actuellement connectés, qu'ils appelaient "messages en ligne" (ou OLM en abrégé). L'incarnation ultérieure de Quantum Link, plus connue, America Online (AOL), propose un produit similaire sous le nom de "AOL Instant Messages" (AIM). Alors que le service Quantum Link fonctionnait sur un Commodore 64, utilisant uniquement les graphiques PETSCII du Commodore, l'écran était visuellement divisé en sections et les OLM apparaissaient sous la forme d'une barre jaune indiquant "Message From :" et le nom de l'expéditeur avec le message en haut de ce que l'utilisateur faisait déjà, et présentaient une liste d'options pour répondre. En tant que tel, il pouvait être considéré comme une sorte d'interface graphique, bien que beaucoup plus primitive que les derniers programmes de messagerie instantanée basés sur Unix, Windows et Macintosh. Les OLM sont ce que Q-Link appelle des "services plus", ce qui signifie qu'ils facturent un supplément par minute en plus des coûts d'accès mensuels de Q-Link.
Les clients de messagerie modernes basés sur une interface graphique, tels qu'ils sont connus aujourd'hui, ont commencé à prendre leur essor au milieu des années 1990, ICQ (1996) étant le premier, suivi par AOL Instant Messenger (AOL Instant Messenger, 1997). AOL a ensuite racheté Mirabilis, les créateurs d'ICQ. Quelques années plus tard, ICQ (qui appartient désormais à AOL) s'est vu attribuer deux brevets pour la messagerie instantanée par l'office américain des brevets. Entre-temps, d'autres sociétés ont développé leurs propres applications (Yahoo, MSN, Excite, Ubique, IBM), chacune avec son propre protocole propriétaire et son propre client ; les utilisateurs devaient donc exécuter plusieurs applications clientes s'ils souhaitaient utiliser plus d'un de ces réseaux.
En 2000, une application à source ouverte et un protocole basé sur des normes ouvertes appelé Jabber ont été lancés. Les serveurs Jabber pouvaient servir de passerelle vers d'autres protocoles de messagerie instantanée, réduisant ainsi la nécessité d'exécuter plusieurs clients. Les clients multiprotocoles modernes tels que Pidgin, Trillian, Adium et Miranda peuvent utiliser n'importe lequel des protocoles de messagerie instantanée les plus courants sans qu'il soit nécessaire de disposer d'une passerelle de serveur.
Récemment, de nombreux services de messagerie instantanée ont commencé à offrir des fonctions de vidéoconférence, des services de voix sur IP (VoIP) et des services de conférence sur le web. Les services de conférence sur le web intègrent à la fois des capacités de vidéoconférence et de messagerie instantanée. Certaines sociétés de messagerie instantanée plus récentes proposent le partage de bureau, la radio IP et la télévision sur IP pour les fonctions voix et vidéo.
Le terme "messagerie instantanée" est une marque de service de Time Warner et ne peut être utilisé dans un logiciel non affilié à AOL aux États-Unis. Pour cette raison, le client de messagerie instantanée anciennement connu sous le nom de Gaim ou gaim a annoncé en avril 2007 qu'il serait renommé "Pidgin".