Le système immunitaire inné défend l'hôte contre les infections. Il comprend des cellules qui reconnaissent les agents pathogènes (germes) et y répondent immédiatement. La réponse du système immunitaire inné n'est pas spécifique : il réagit de la même manière à tous les pathogènes qu'il reconnaît.

Contrairement au système immunitaire adaptatif, le système immunitaire inné ne confère pas une immunité durable contre des infections spécifiques.

Le système immunitaire inné assure une défense immédiate contre les infections et se retrouve dans toute la vie végétale et animale. Le système inné est la stratégie de défense la plus ancienne. C'est le principal système immunitaire que l'on trouve chez les plantes, les champignons, les insectes et les organismes multicellulaires primitifs. Le système n'est pas adaptable et ne change pas au cours de la vie d'un individu.

Le système immunitaire inné des vertébrés :