Une grande partie de la population de l'État indépendant de Croatie n'était pas croate, principalement en raison de l'inclusion de la Bosnie. Il comptait des populations importantes de Serbes (environ 19% de la population de la Croatie à l'époque, plus de 30% de la population de la NDH), de Musulmans bosniaques (le plus grand groupe de population de la Bosnie à l'époque, et plus de 10% de la population de la NDH), d'Allemands, de Hongrois et d'autres. Les catholiques (principalement des Croates, des Allemands et des Magyars) constituaient un peu plus de 50 % des 6,3 millions d'habitants. Mile Budak, homme politique et ministre de la NDH - également écrivain croate - a immédiatement saisi l'occasion pour proclamer les musulmans "Frères" et a voulu les forcer à se convertir au christianisme. De nombreux Croates sont d'accord avec l'idée que la majorité des musulmans bosniaques sont en fait des Croates qui ont été convertis à l'Islam lors de l'invasion des Turcs au 15ème siècle.
De nombreux musulmans bosniaques ont accepté la NDH (dans de nombreux cas, ils ont été forcés de l'accepter sous peine de se convertir au christianisme ou d'être exécutés) et se sont immédiatement impliqués. La plus tristement célèbre des divisions islamiques de l'Oustache était la 13e division de la Waffen Mountain de la SS Handschar. En ce qui concerne les soldats de confession musulmane, une mosquée a été construite à Zagreb - la capitale de la Croatie - connue sous le nom de "Poglavnikova dzamija" ou Mosquée de Poglavnik. Malgré les assurances de Pavelić concernant l'égalité avec les Croates, de nombreux musulmans sont rapidement devenus insatisfaits de la domination croate. Un dirigeant musulman a déclaré qu'aucun musulman n'occupait un poste influent dans l'administration. Des combats féroces ont éclaté entre les Ustaše, les Tchetniks et les partisans yougoslaves sur le territoire de la NDH. Certaines unités de la milice ustaše ont acquis la conviction que les musulmans étaient des sympathisants communistes, et ont brûlé leurs villages et tué de nombreux civils.
L'Ustase a presque immédiatement promulgué des lois raciales qui reflétaient l'acceptation de l'idéologie de l'Allemagne nazie et de l'Italie fasciste, en mettant l'accent sur les questions nationales croates.
Le premier "Ordre juridique pour la défense du peuple et de l'État" du 17 avril 1941 a ordonné la peine de mort pour "atteinte à l'honneur et aux intérêts vitaux du peuple croate et à la survie de l'État indépendant de Croatie". Il a été rapidement suivi par l'"Ordre juridique des races" et l'"Ordre juridique de la protection du sang aryen et de l'honneur du peuple croate" du 30 avril 1941, ainsi que par l'"Ordre de la création et de la définition du comité politico-racial" du 4 juin 1941. L'application de ces actes juridiques s'est faite non seulement par le biais des tribunaux ordinaires, mais aussi par de nouveaux tribunaux hors la loi ainsi que par des cours martiales itinérantes aux compétences élargies.
Les prisons normales ne pouvaient plus supporter le rythme des nouveaux détenus et le gouvernement d'Ustaša commença à préparer le terrain qui allait devenir le camp de concentration de Jasenovac en juillet 1941. Le régime finit par créer des camps de concentration dans onze endroits différents.
Les Ustaše ont commencé à mener une campagne délibérée de meurtre de masse, de déportation et de conversion religieuse forcée pour tenter d'expulser les Serbes. Les Juifs et les Tsiganes ont été exposés à l'anéantissement total, c'est-à-dire à la campagne de meurtres de masse et, dans une moindre mesure, à la déportation.
Le camp de concentration de Jasenovac allait devenir le lieu du meurtre de près de cent mille personnes (certains estiment que ce camp était le troisième plus grand camp de la Seconde Guerre mondiale). Le nombre total de morts dans l'Ustase est estimé à environ 600 000 personnes, mais tous les documents écrits ont été détruits pour le dissimuler.
L'état de terreur permanente, les massacres, les viols de femmes et le pillage des biens de leurs victimes dans l'État indépendant de Croatie ont forcé, en premier lieu, les Serbes à se rebeller. Selon les rapports de Glaise von Horstenau, Hitler était en colère contre Pavelić dont la politique a enflammé la rébellion en Croatie - par laquelle Hitler a perdu la capacité d'engager les forces de l'État indépendant de Croatie sur le front de l'Est. De plus, Hitler a été forcé d'engager ses forces pour réprimer la rébellion. Pour cette raison, Hitler a convoqué Pavelić à son quartier général de guerre à Vinica (Ukraine) le 23 septembre 1942. En conséquence, Pavelić a remplacé son ministre des forces armées, Slavko Kvaternik, par le moins zélé Jure Francetić. Avant de rencontrer Hitler, pour apaiser le public, Pavelić a publié l'"Annonce importante du gouvernement" ("Važna obavijest Vlade") dans laquelle il menaçait ceux qui diffusaient la nouvelle "des menaces inexistantes de désarmement des unités d'Oustache par les représentants d'une puissance étrangère, du remplacement de l'armée croate par une armée étrangère, de la possibilité qu'une puissance étrangère s'empare du pouvoir en Croatie ...". (Hrvatski narod, 3 septembre 1942.)
Hans Helm, le chef désigné de la Gestapo pour l'État indépendant de Croatie, dans son rapport confidentiel - (sous le titre "Base du danger partisan" - envoyé au général Kasche) du 14 janvier 1943, a écrit : "La plupart des rangs des partisans viennent des Serbes - du fait qu'ils sont les plus vilains persécutés .... le nouveau régime croate a lancé des programmes d'anéantissement et de destruction des Serbes, qui (les programmes) sont publiquement soutenus par les plus hauts responsables du gouvernement croate, et (les programmes) ont été adoptés comme objectif principal du gouvernement. Le fait qu'un discours différent ait été tenu du côté officiel des Oustache - sous la pression de la rébellion et en raison du déroulement des événements - même une réconciliation a été mentionnée - ne laisse aucune possibilité de compenser le préjudice causé par, par exemple, le Dr Mile Budak, l'actuel ministre (croate) à Berlin ..." Le général Horstenau a écrit dans son rapport : "Le mouvement Ustashe est, en raison des erreurs et des atrocités qu'il a commises, et de la corruption, tellement compromis que le pouvoir exécutif du gouvernement (la police et la sécurité intérieure) doit être séparé du gouvernement - même au prix de la rupture de tout lien éventuel avec le gouvernement..."
