Hydra est la lune la plus éloignée de Pluton. Elle a été découverte avec Nix en juin 2005 par l'équipe de recherche du télescope spatial Hubble, composée de Hal A. Weaver, Alan Stern, Max J. Mutchler, Andrew J. Steffl, Marc W. Buie, William J. Merline, John R. Spencer, Eliot F. Young et Leslie A. Young. Les images de la découverte ont été prises le 15 mai 2005 et le 18 mai 2005 ; les lunes ont été trouvées indépendamment par Max J. Mutchler le 15 juin 2005 et Andrew J. Steffl le 15 août 2005. Les découvertes ont été annoncées le 31 octobre 2005, après confirmation par les précouvertures de 2002. Les lunes ont été provisoirement désignées S/2005 P 1 (Hydre) et S/2005 P 2 (Nix).
La lune tourne autour du barycentre du système dans le même plan que Charon et Nix, à une distance d'environ 65 000 km. Contrairement aux autres lunes de Pluton, son orbite n'est que presque circulaire ; son excentricité de 0,0052 est faible, mais significativement non nulle. Sa période orbitale est de 38,2 jours.
Bien que sa taille n'ait pas été directement mesurée, des calculs basés sur sa luminosité lui donnent un diamètre compris entre 61 km, si sa réflectivité est similaire aux 35 pour cent de Charon, et environ 167 km, si elle a une réflectivité de 4 pour cent comme les objets les plus sombres de la ceinture de Kuiper (KBO). Au moment de sa découverte, Hydra était environ 25 % plus lumineuse que sa lune jumelle Nix, ce qui a conduit à supposer que son diamètre était supérieur de 10 %. Les données des observations de Hubble effectuées en 2002-2003 avant la découverte ont permis de déduire que Nix était la lune la plus brillante. Cependant, les observations de Hubble en 2005-6, ciblant spécifiquement les lunes de faible luminosité, ont une fois de plus montré qu'Hydra était un peu plus brillante. Hydra semble être grise comme Charon et Nix, bien que Pluton soit rougeâtre.
Hydra devait être visitée en même temps que Pluton par la mission New Horizons en 2015.
Le nom Hydra a été annoncé le 21 juin 2006 dans la circulaire 8723 de l'UAI, en même temps que la désignation officielle Pluton III. Elle a été nommée d'après Hydra, le monstre qui gardait les eaux des enfers de Pluton/Hades dans la mythologie gréco-romaine.
