Le microbiome humain (ou microbiote humain) est la collection de micro-organismes qui vivent sur nous. Ils vivent sur la peau, dans la salive et la bouche, dans les yeux, dans l'intestin et le reste du tube digestif. Ils comprennent les bactéries, les archées, les champignons et les eucaryotes unicellulaires ("protozoaires"). Tout le monde transporte beaucoup plus de ces microbes que le nombre de cellules humaines dans le corps. Le corps humain compte environ 100 billions de cellules et transporte environ dix fois plus de microorganismes rien que dans les intestins.
Le microbiome est "la communauté écologique de microorganismes commensales, symbiotiques et pathogènes qui partagent littéralement notre espace corporel". Le terme a été inventé à l'origine par Joshua Lederberg. Il pensait que les microorganismes vivant dans le corps humain en bonne santé et dans la maladie étaient importants. De nombreux articles scientifiques distinguent "microbiome" et "microbiote" pour décrire respectivement les génomes collectifs des microorganismes qui vivent dans une niche environnementale ou les microorganismes eux-mêmes. Cependant, selon les définitions originales, ces termes sont largement synonymes.
Certains de ces organismes sont utiles pour l'homme. Cependant, la plupart n'ont aucun effet connu. Ce ne sont que des symbiotes : ils vivent avec nous. Ceux qui sont censés être présents sont des membres de la flore normale. Dans des circonstances normales, ils ne provoquent pas de maladies, mais peuvent même aider notre santé. En 2009, des études ont demandé si la réduction de ce biote nuisait à notre santé. C'est certainement le cas de la flore intestinale.
Bien que le terme "flore" fasse référence aux plantes plutôt qu'aux bactéries, le terme "flore intestinale" est largement utilisé et familier aux biologistes. Le terme "biote" désigne l'ensemble des organismes présents dans un écosystème. Le terme "microbiote" convient mieux aux bactéries et autres microorganismes, mais il ne fait aucun doute que le terme "flore" est souvent utilisé.
Les microbes dont il est question sont généralement non pathogènes (ils ne provoquent pas de maladie à moins qu'ils ne se développent anormalement) ; ils existent en harmonie et en symbiose avec leurs hôtes.
Les chercheurs ont appris qu'une grande partie des microbes présents dans le corps humain ne sont pas des bactéries mais une très ancienne classe d'organismes unicellulaires appelés archaebactéries. Ils comprennent des méthanogènes qui produisent du méthane et peuvent provoquer des flatulences.
