Les archéologues pensent que l'espèce a survécu sur Flores au moins jusqu'à il y a 12 000 ans. Cela en fait l'espèce humaine non moderne la plus durable. Elle a également vécu plus longtemps que les Néandertaliens (H. neanderthalensis), qui se sont éteints il y a environ 24 000 ans.
En raison d'un profond détroit voisin, Flores est resté isolé pendant la dernière période glaciaire. C'est pourquoi les découvreurs de H. floresiensis pensent que l'espèce, ou ses ancêtres, ont dû atteindre l'île isolée par transport maritime il y a environ 100 000 ans (ou, s'il s'agit de H. erectus, il y a environ 1 million d'années).
La géologie locale suggère qu'une éruption volcanique sur Flores, il y a environ 12 000 ans, a été responsable de la fin de H. floresiensis et des animaux qui vivaient sur l'île. L'éléphant Stegodon s'est également éteint à cette époque.
Histoires de survie ultérieure
Il existe des histoires locales selon lesquelles une petite race de personnes vivait sur l'île. Les Ebu Gogo étaient de petits habitants des cavernes, poilus et sans langue. On dit qu'ils étaient là au moment de l'arrivée des premiers navires portugais au XVIe siècle. On prétend que ces créatures n'ont existé qu'à la fin du XIXe siècle. Gerd van den Bergh, un paléontologue travaillant avec les fossiles, a rapporté avoir entendu parler de l'Ebu Gogo dix ans avant la découverte des fossiles. Sur l'île voisine de Sumatra, on signale la présence d'un humanoïde de 1 à 1,5 m de haut, l'Orang Pendek, qui pourrait être apparenté à H. floresiensis.