Périodes babylonienne et perse (586-333 avant J.-C.)
En 586 avant J.-C., les Babyloniens, sous le roi Nabuchodonosor II, s'emparent de Jérusalem, détruisent le temple de Salomon, mettent fin à la royauté davidique et emmènent le peuple en captivité. Seuls les plus pauvres furent laissés derrière eux en Judée, aujourd'hui la province babylonienne de Yehud avec sa capitale à Mizpah dans l'ancien territoire de Benjamin, au nord de Jérusalem. Quelques années plus tard, toujours selon la Bible, le gouverneur de Yehud a été assassiné par des rivaux, ce qui a déclenché un nouvel exode de réfugiés, cette fois-ci vers l'Égypte. Ainsi, vers 580, le peuple de Juda se trouvait en trois endroits distincts, l'élite à Babylone (où, soit dit en passant, il semble avoir été bien traité), une grande communauté en Égypte et un reste en Judée. L'exil a pris fin lorsque Cyrus le Grand de Perse a conquis Babylone (traditionnellement 538 avant JC). Les Perses ont reconstitué Juda/Yehud en tant que province ("Yehud medinata") dans le cadre du satrape "Au-delà du fleuve", et au cours du siècle suivant, certains des exilés sont retournés à Jérusalem. Ils y reconstruisirent finalement le Temple (traditionnellement 516/515 avant J.-C.), mais pendant plus d'un siècle, la capitale administrative resta à Mizpah. La Samarie, quant à elle, a continué à être la province de la Semarine dans le même satrapie que Yehud.
La période persane
En 539 avant J.-C., les Perses ont conquis Babylone et en 537 avant J.-C., ils ont inauguré la période persane de l'histoire juive. En 520 avant J.-C., Cyrus le Grand a permis aux Juifs de retourner en Judée et de reconstruire le Temple (achevé en 515 avant J.-C.). Il nomma Zerubbabel (petit-fils de l'avant-dernier roi de Judée, Joiachin) gouverneur, mais ne permit pas la restauration du royaume. L'influence du zoroastrisme sur le monothéisme, le judaïsme, ainsi que le christianisme font toujours l'objet de débats académiques.
Sans un roi puissant, le Temple devint plus puissant, et les prêtres devinrent l'autorité dominante. Cependant, le second temple avait été construit sous une puissance étrangère et sa légitimité était toujours remise en question. C'est ainsi que diverses sectes se sont développées au sein du judaïsme au cours des siècles suivants, chacune d'entre elles prétendant représenter le "judaïsme". La plupart d'entre elles décourageaient généralement les relations sociales, en particulier le mariage, avec les membres d'autres sectes.
La fin de l'exil babylonien a vu non seulement la construction du second temple, mais aussi, selon l'hypothèse du documentaire, la version finale de la Torah. Bien que les prêtres contrôlent la monarchie et le Temple, les scribes et les sages (qui deviendront plus tard les rabbins) monopolisent l'étude de la Torah, qui (à partir du temps d'Ezra) est lue publiquement les jours de marché. Ces sages ont développé et maintenu une tradition orale à côté de la Sainte Écriture, et se sont identifiés aux prophètes. Selon Geza Vermes, on s'adressait souvent à ces scribes en utilisant un terme de base de respect, "seigneur".
Périodes hellénistique et romaine (333 avant J.-C. - 70 après J.-C.)
La période hellénistique a commencé en 332 avant J.-C. quand Alexandre le Grand a conquis la Perse. À sa mort en 323 avant J.-C., son empire fut divisé entre ses généraux. Au début, la Judée était gouvernée par les Ptolémées égypto-helléniques, mais en 198 avant J.-C., l'Empire séleucide syro-hellénique, sous Antiochus III, a pris le contrôle de la Judée.
La période hellénistique a vu la canonisation du Tanakh (Bible hébraïque), selon une théorie, et l'émergence de traditions sacrées extra-bibliques. Les premières preuves d'une tradition de mysticisme juif entourent le livre d'Ezéchiel, écrit pendant l'exil babylonien. Cependant, pratiquement tous les textes mystiques connus ont été écrits à la fin de la période du Second Temple. Certains érudits pensent que les traditions ésotériques de la Kabbale (mysticisme juif), ont été influencées par les croyances persanes, la philosophie platonique et le gnosticisme.
2 Esdras 14:45-46, qui a été écrit au deuxième siècle de notre ère, déclare "Rends publics les vingt-quatre livres que tu as écrits en premier, et fais-les lire aux dignes et aux indignes ; mais garde les soixante-dix qui ont été écrits en dernier, afin de les donner aux sages de ton peuple." C'est la première référence connue à la Bible hébraïque canonisée, et les soixante-dix textes non canoniques peuvent avoir été mystiques ; le Talmud suggère d'autres traditions mystiques qui peuvent avoir leurs racines dans le judaïsme du Second Temple.
Le Proche-Orient était cosmopolite, surtout pendant la période hellénistique. Plusieurs langues y étaient utilisées et la question de la lingua franca fait encore l'objet de débats. Les Juifs parlaient presque certainement l'araméen entre eux. Le grec était souvent utilisé dans toute la partie orientale de la Méditerranée. Le judaïsme évoluait rapidement, réagissant et s'adaptant à un monde politique, culturel et intellectuel plus vaste, et attirant à son tour les intérêts des non-juifs. L'historienne Shaye Cohen a observé :
Tous les judaïsmes de la période hellénistique, de la diaspora et de la terre d'Israël, ont été hellénisés, c'est-à-dire qu'ils faisaient partie intégrante de la culture du monde ancien. Certaines variétés de judaïsme ont été plus hellénisées que d'autres, mais aucune n'était une île en soi. C'est une erreur d'imaginer que la terre de Palestine a conservé une forme "pure" de judaïsme et que la diaspora était le foyer de formes adultérées ou diluées de judaïsme. Le terme "judaïsme hellénistique" n'a donc de sens que comme indicateur chronologique pour la période allant d'Alexandre le Grand aux Macabées ou peut-être aux conquêtes romaines du premier siècle avant Jésus-Christ. En tant que terme descriptif d'un certain type de judaïsme, il est cependant dénué de sens car tous les judaïsmes de la période hellénistique étaient "hellénistiques". (Cohen 1987 : 37)
Luttes culturelles avec l'hellénisme
De nombreux juifs vivaient dans la diaspora, et les provinces de Judée, de Samarie et de Galilée étaient peuplées de nombreux païens (qui manifestaient souvent un intérêt pour le judaïsme). Les Juifs devaient vivre avec les valeurs de l'hellénisme et de la philosophie hellénistique, qui étaient souvent en contradiction directe avec leurs propres valeurs et traditions. De manière générale, la culture hellénistique se considérait comme un civilisateur, apportant des valeurs et des manières civilisées à des peuples qu'ils considéraient comme insulaires, arriérés ou dégénérés.
Par exemple, des bains publics de style grec ont été construits en vue du Temple de Jérusalem, et même dans cette ville, le gymnase est devenu un centre de vie sociale, sportive et intellectuelle. De nombreux Juifs, y compris certains des prêtres les plus aristocrates, ont adopté ces institutions, bien que les Juifs qui le faisaient étaient souvent méprisés en raison de leur circoncision, que les Juifs considéraient comme la marque de leur alliance avec Dieu, mais que la culture hellénistique considérait comme une défiguration esthétique du corps. En conséquence, certains juifs ont commencé à abandonner la pratique de la circoncision (et donc leur alliance avec Dieu), tandis que d'autres ont fait preuve de retenue face à la domination grecque.
En même temps que les Juifs se confrontaient aux différences culturelles à leur porte, ils devaient faire face à un paradoxe dans leur propre tradition : leurs lois de la Torah ne s'appliquaient qu'à eux, et aux prosélytes, mais leur Dieu, croyaient-ils, était le seul et unique Dieu de tous. Cette situation a conduit à de nouvelles interprétations de la Torah, dont certaines ont été influencées par la pensée hellénique et en réponse à l'intérêt des païens pour le judaïsme. C'est à cette époque que de nombreux concepts de la première philosophie grecque sont entrés dans le judaïsme ou l'ont influencé, ainsi que des débats et des sectes au sein de la religion et de la culture de l'époque.
En 331 avant J.-C., Alexandre le Grand a pris le contrôle de l'empire perse. À sa mort, en 323 avant J.-C., son empire s'est effondré et la province de Yehud a été intégrée au royaume d'Égypte, dirigé par la dynastie ptolémaïque. La domination ptolémaïque fut douce : Alexandrie devint la plus grande ville juive du monde, et Ptolémée II Philadelphe d'Égypte (281-246 avant J.-C.) encouragea la culture juive, en parrainant la traduction de la Septante de la Torah. Cette période a également vu le début des Pharisiens et d'autres partis juifs du Second Temple tels que les Sadducéens et les Esséniens. Mais au début du IIe siècle avant J.-C., Yehud est tombé aux mains du souverain syrien séleucide Antiochus IV Epiphane (174-163 avant J.-C.) qui, contrairement à la tolérance des Ptolémides, a tenté une hellénisation complète des Juifs. Sa profanation du Temple a déclenché une rébellion nationale qui s'est terminée par l'expulsion des Syriens et la reconsécration du Temple sous les Macchabées
Le royaume établi par les Maccabées était une tentative consciente de faire revivre le Juda décrit dans la bible : une monarchie juive régnant depuis Jérusalem et s'étendant sur tous les territoires autrefois gouvernés par David et Salomon. Pour mener à bien ce projet, les rois asmonéens ont conquis (et converti de force au judaïsme) les anciens Moabites, Édomites et Ammonites, ainsi que le royaume perdu d'Israël.
En général, les Juifs acceptaient la domination étrangère lorsqu'ils n'étaient tenus de payer que le tribut, et qu'ils étaient autorisés à se gouverner eux-mêmes en interne. Néanmoins, les Juifs étaient divisés entre ceux qui étaient favorables à l'hellénisation et ceux qui s'y opposaient, et étaient divisés sur l'allégeance aux Ptolémées ou aux Séleucides. Lorsque le Grand Prêtre Simon II mourut en 175 avant JC, un conflit éclata entre les partisans de son fils Onias III (qui s'opposait à l'hellénisation et était favorable aux Ptolémées) et son fils Jason (qui était favorable à l'hellénisation et aux Séleucides). Une période d'intrigues politiques s'ensuit, avec des prêtres tels que Ménélas soudoyant le roi pour gagner le titre de Grand Prêtre, et des accusations de meurtre sur les candidats au titre. Le résultat fut une brève guerre civile.
Un grand nombre de Juifs affluèrent aux côtés de Jason et, en 167 avant J.-C., le roi séleucide Antiochus IV envahit la Judée, entra dans le Temple et le dépouilla de son argent et de ses objets de cérémonie. Jason s'est enfui en Égypte, et Antiochus a imposé un programme d'hellénisation forcée, exigeant des Juifs qu'ils abandonnent leurs propres lois et coutumes sous la menace d'un massacre. C'est alors que Mattathias et ses cinq fils, John, Eleazar, Simon, Jonathan et Judah Maccabee, prêtres de la famille Hasmon vivant dans le village rural de Modein (prononcé "Mo-Ah-Dein"), prirent la tête d'une révolte sanglante et finalement réussie contre les Séleucides.
Juda a libéré Jérusalem en 165 avant J.-C. et a restauré le Temple. Les combats se poursuivirent et Juda et son frère Jonathan furent tués. En 141 avant J.-C., une assemblée de prêtres et d'autres personnes ont confirmé Simon comme grand prêtre et chef, établissant ainsi la dynastie des Hasmonéens. Lorsque Simon fut tué en 135 avant J.-C., son fils (et neveu de Juda) John Hyrcanus prit sa place en tant que grand prêtre et roi.
Le royaume hachémonien
Après avoir vaincu les forces séleucides, John Hyrcanus établit une nouvelle monarchie sous la forme de la dynastie sacerdotale des Hasmonéens en 152 avant J.-C. - faisant ainsi des prêtres des autorités politiques et religieuses. Bien que les Hasmonéens aient été considérés comme des héros et des leaders pour avoir résisté aux Séleucides, certains ont considéré que leur règne manquait de la légitimité religieuse conférée par la descendance de la dynastie davidique de l'époque du Premier Temple.
Sadducéens, esséniens et pharisiens
Le fossé entre les prêtres et les sages s'est creusé pendant la période hellénistique, lorsque les Juifs ont dû faire face à de nouvelles luttes politiques et culturelles. À cette époque, le parti des Sadducéens est apparu comme le parti des prêtres et des élites alliées (le nom de Sadducéen vient de Zadok, le grand prêtre du premier Temple).
Les Esséniens étaient un autre des premiers mouvements mystico-religieux, qui aurait rejeté les grands prêtres nommés par les Séleucides, ou les grands prêtres asmonéens, comme étant erronés. Mais ils ont rapidement rejeté le Second Temple, arguant que la communauté essénienne était elle-même le nouveau Temple, et que l'obéissance à la loi représentait une nouvelle forme de sacrifice.
Bien que leur manque d'intérêt pour le second Temple ait aliéné les Esséniens de la grande masse des Juifs, leur notion que le sacré pouvait exister en dehors du Temple était partagée par un autre groupe, les Pharisiens ("séparatistes"), basé au sein de la communauté des scribes et des sages. La signification de ce nom n'est cependant pas claire.
Pendant la période hasmonéenne, les Sadducéens et les Pharisiens fonctionnaient principalement comme des partis politiques (les Esséniens n'étant pas aussi orientés politiquement). Les différences politiques entre les Sadducéens et les Pharisiens sont devenues évidentes lorsque les Pharisiens ont exigé que le roi d'Asmonéen Alexandre Jannai choisisse entre être roi et être Grand Prêtre de manière traditionnelle. Cette demande a conduit à une brève guerre civile qui s'est terminée par une répression sanglante des pharisiens, bien qu'à son décès, le roi ait appelé à une réconciliation entre les deux parties. Alexandre a été remplacé par sa veuve, dont le frère était un pharisien de premier plan. À sa mort, son fils aîné, Hyrcanus II, chercha le soutien des Pharisiens, et son fils cadet, Aristobule, celui des Sadducéens.
En 64 avant J.-C., le général romain Pompée s'empare de Jérusalem et fait du royaume juif un client de Rome. En 57-55 avant J.-C., Aulus Gabinius, proconsul de Syrie, le divise en Galilée, Samarie et Judée, avec 5 districts Sanhedrin/Synedrion (conseils de loi). En 40-39 avant J.-C., Hérode le Grand est nommé roi des Juifs par le Sénat romain, mais en 6 après J.-C., son successeur, Hérode Archélaüs, ethnarque de Judée, est déposé par l'empereur Auguste et ses territoires annexés en tant que province d'Iudée sous administration romaine directe : cela marque la fin de Judée en tant que royaume même théoriquement indépendant.